使用 RNetlogo 启动 Netlogo 时出错

Question

我在Netlogo中搭建了一个仿真模型，希望能优化模型参数（30左右）。由于 Netlogo 不支持使用不同参数集自动执行多次运行，因此我正在考虑使用另一个平台（R/python/Java）来调用 Netlogo，分析模拟结果，并找到最佳参数。

但是，到目前为止，它们都不起作用...在 R 中，我在使用 RNetLogo 启动 Netlogo 时遇到了错误。我已经尝试了所有可以在网上找到的潜在解决方案，但仍然没有弄清楚问题所在。如果有人可以提供帮助，将不胜感激。

代码：

library(RNetLogo)
nl.path = "C:/Program Files/NetLogo 5.3/app"
NLStart(nl.path, gui=FALSE, nl.jarname = 'NetLogo.jar')

错误信息：

java.lang.NoClassDefFoundError: org/nlogo/api/Exceptions$Handler
at java.lang.Class.forName0(Native Method)
at java.lang.Class.forName(Unknown Source)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException
at RJavaClassLoader.findClass(RJavaClassLoader.java:383)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
... 2 more

版本：

- system: Windows 10
- R: 3.3.3
- Netlogo: 5.3/5.3.1/6.0/6.0.2 (tried all of them, same error message)
- Java: 1.8.0_151-b12 (this is the one called in R, checked by .jcall)
- RNetlogo and rJava are most up-to-date as of 1/9/2018

Answer 1

如果您使用 NetLogo 安装中包含的 java 环境，它是否解决了您的问题？

在 R 中安装或加载 RNetLogo 之前尝试这个：

Sys.setenv(JAVA_HOME="YOUR-INSTALLATION-PATH\\NetLogo 6.0.1\\runtime")

Answer 2

我在 5.3.1 中肯定遇到了同样的错误。出于好奇，这适用于您的版本 6.0.2 吗？

library(RNetLogo)
nl.path <- "C:/Program Files/NetLogo 6.0.2/app"
NLStart(nl.path, gui = FALSE, nl.jarname = "netlogo-6.0.2.jar")

Answer 3

需要运行一些诊断程序，但在此之前，请将 Netlogo/ 文件夹中 Java/ 文件夹中的所有 .jar 文件复制到 NetLogo 5.3.0.app 所在的同一文件夹中。

然后确保在 dir 路径中有 /app，在 nl.jarname 参数中有 NL 版本。

# get packages from source
p<-c("rJava", "RNetLogo"); remove.packages(p)
install.packages("rJava", repos = "https://cran.r-project.org/", type="source") 
install.packages("RNetLogo", repos = "https://cran.r-project.org/", type="source")
library(rJava);library(RNetLogo)

nl_path = "C:/Program Files/NetLogo 5.3.0/app" 
ver_nl <- "5.3.0"
NLStart(nl_path,gui=F,nl.jarname = paste0("netlogo-",ver_nl,".jar")) # open netlogo without gui  
# NLLoadModel("path-to-nl-model",nl.obj=NULL) # load model with nl.obj=NULL  

如果失败，请按顺序运行这些诊断程序。您应该没有 rJava 错误。如果这样做，请确保您安装了最新版本的 Java SE： https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index-jsp-138363.html

# test 1
install.packages("rJava", repos = "https://cran.r-project.org/", type="source"); library(rJava)
.jinit()
.jnew( "java/awt/Point", 10L, 10L )
f <- .jnew("java/awt/Frame","Hello")
.jcall(f,,"setVisible",TRUE)
t1err <- geterrmessage()

# test 2
component <- .jnull()
component <- .jcast(component, new.class = "java/awt/Component")
message <- .jnew("java/lang/String","This is a JOptionPane test from rJava.")
message <- .jcast(message, new.class = "java/lang/Object")
title <- .jnew("java/lang/String","Test")
type <- .jnew("java/lang/Integer", as.integer(2))
f <- .jnew("javax/swing/JOptionPane")
.jcall(f,"showMessageDialog", component, message, title, .jsimplify(type))
t2err <- geterrmessage()

# # test 3
.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.vm.version")
.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.vm.name")
.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.vm.info")
.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version")
.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "sun.arch.data.model")
t3err <- geterrmessage()

# test 4
.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.awt.headless")
Sys.getenv("NOAWT")
t4err <- geterrmessage()

errorlist <- function(){
if(geterrmessage()==t1err){stop("Failed Test 1 — Headless exception \n \n Wrong awt GUI support for Java/rJava",call.=T)}
if(geterrmessage()==t2err){stop("Failed Test 2 — Invalid method name for RcallMethod (unable to open dialog box)",call.=T)}
if(geterrmessage()==t3err){stop("Failed Test 3 — Old version of Java. \n \n Download latest version \n \n > https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index-jsp-138363.html.",call.=T)}
if(geterrmessage()==t4err){stop("Failed Test 4 — ",call.=T)}
}

最后的替代方法是从 JGR 运行 RNetLogo，它在 Mac 上以无头模式运行。

install.packages('JGR',,'http://www.rforge.net/') # note the extra comma 
library(JGR)
JGR::JGR()