cuda：在稀疏矩阵中获取非零元素的任何有效方法

Question

我有一个大的 2D 直方图，其中大部分元素为零。我想将非零值及其位置放入 2 个数组（或向量）。有什么有效的方法吗？

我希望已经清楚地说明了我的问题。这里有一些细节。

1) 我有一个 1024*1024 的直方图，并由 atomicAdd() 填充。 2）对于直方图中的每个元素，如果不是局部峰值，则将其内容设置为0。（通常我有

希望您的建议，提前谢谢。

Answer 1

推力histogram example 应该会给你一些想法。

术语可能会令人困惑：那里描述的“密集直方图”包含所有箱，无论是否为零（相当于您的稀疏矩阵）。 “稀疏直方图”仅包含非零箱，相当于您想要的结果。

该示例实际上生成了直方图——密集的或稀疏的。因此，您可能希望直接使用该方法，而不是使用任何方法来进行直方图（AtomicAdd，虽然功能强大，但可能会更慢。）

或者，如果您愿意，该代码中的 cmets 会描述如何将“密集”转换为“稀疏”，反之亦然。建议创建稀疏直方图（这是您想要的）推力copy_if。

由于您需要直方图 bin 和它的索引，您可以执行以下操作：

1. 创建一个与您的直方图向量一样长的向量，并对其进行排序 (thrust::sequence) 以创建索引。
2. 创建一个 zip 迭代器以将每个直方图 bin 及其对应的索引组合成一个元组。
3. 使用 copy_if 选择 bin 值非零的元组。