与 xlsx 包和 choose.files 冲突答案

【问题标题】：Conflict with xlsx package and choose.files与 xlsx 包和 choose.files 冲突
【发布时间】：2012-11-22 11:34:16
【问题描述】：

我在加载 xlsx 包和使用 choose.files 时遇到了一个奇怪的问题。

当我将 RStudio 更新到最新版本 (v0.97.237) 后，这个问题就开始了。如果我启动 RStudio，然后加载 xlsx（即library(xlsx)），包加载就好了。但是，如果我然后尝试使用choose.files()，RStudio 会冻结（实际上它会持续运行，并且如果不使用 Win7 任务管理器结束它就无法关闭）。如果我启动 RStudio 并首先使用 choose.files，它工作得很好。如果我然后运行library(xlsx) 行，xlsx 包将不会加载。它给出了以下错误。

我尝试重新安装 xlsx 包（连同 xlsxjars 和 rJava），但没有成功。也没有重新安装 Java。

有什么建议吗？我正在使用 R v2.15.2。

library(xlsx)  
Loading required package: xlsxjars  
Loading required package: rJava  
Error occurred during initialization of VM  
Could not reserve enough space for object heap  
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'xlsxjars', details:  
  call: .jinit()  
  error: Cannot create Java virtual machine (-4)  
Error: package ‘xlsxjars’ could not be loaded

编辑：这就是问题所在。很抱歉有任何混淆。当我输入这个时：

filename<-file.choose() #select file
library(xlsx)
mydata<-read.xlsx(filename,1) #load datafile

我可以成功选择文件名，但是xlsx包无法加载所以我无法打开数据文件。我得到上面的错误。但是，如果我改为运行它（在我关闭并重新启动 RStudio 之后）：

library(xlsx)
filename<-file.choose() #select file
mydata<-read.xlsx(filename,1) #load datafile

xlsx 包正确加载，但file.choose 导致 R 无限期运行，因此脚本冻结，我无法加载我的文件。使用choose.files() 也是如此。我不知道为什么这两个东西（xlsx 和file.choose/choose.files）会发生冲突，但似乎它们是因为我只能使用一个或另一个，这取决于我首先使用哪一个。

编辑 2：我已经在另一台计算机（相同的操作系统，相同版本的 R、RStudio 和 Java）上尝试过，但遇到了同样的问题。

编辑 3：我转换回 RStudio v0.97.90，问题就消失了。我猜这是 RStudio 的问题。

【问题讨论】：

看起来你的 Java 安装问题比 R 的问题更大。添加标签。您应该记录 Java 的版本号。这与choose.files 没有明显联系。
如果我不使用 choose.files，xlsx 包会加载并完美运行。 xlsx 唯一不起作用的情况是，如果我在使用 choose.files 后尝试加载它。我有 Java 版本 1.7.0_09
“在我用过choose.files 后使用它”是什么意思？有一个名为file.choose 的基本函数。
问题是 C 堆栈大小在 R 2.15.2 中从 10MB 增加到 64MB（由于此类错误，在 R 3.x.x 中减少到 16MB）。在调用 file.choose() 后查看您的错误消息“无法为对象堆保留足够的空间”，这似乎使用了一些内存。我猜想在调用library(xlsx) 之前调用.jinit(parameters=c("-Xrs", "-Xss1m")) 可以解决这个问题。
我建议你使用 WriteXLS 包：{WriteXLS} 这个包对 Rstudio 更友好 imo。

标签： java r xlsx rstudio

【解决方案1】：

尝试从

中清除您的临时文件

控制面板 > 程序 > Java

看看它是否有效。

【讨论】：

【解决方案2】：

我最近在新机器上安装 R 时遇到了这个问题。确保您使用正确版本的 Java（32 位与 64 位）以匹配您的 R 版本。请注意，Java 的 64 位版本不在他们的主下载页面上，而是在他们的“手册”d /l 页here.

【讨论】：

【解决方案3】：

我总是在顶部使用这些行：

options(java.parameters="-Xmx4000m")
options(java.home="C:/Program Files/Java/jre7/")

看看是否有帮助。

【讨论】：

【解决方案4】：

试试这些包：

install.packages("XLConnect")
install.packages("xlsxjars")
install.packages("xlsx")

然后加载library()

使用read.xlsx2("blah.xlsx",sheetIndex=NULL)

不要使用file.choose，直接将文件插入read.xlsx2函数

或

read.xlsx2("blah.xlsx",sheetName=NULL")

【讨论】：

当您从包xlsx 调用read.xlsx2() 时，安装XLConnect 有什么好处？
XLConnect 是允许从 R 中读取、写入和操作 Microsoft Excel 文件的软件包。它只是读取 excel 文件的另一种方式。只是提供我关于以其他方式阅读 excel 文件的建议。但是对于 xlsx 你确实需要 xlsxjars 包
两个软件包的目标相同：XLConnect：提供全面的功能来读取、写入和格式化 Excel 数据。 xlsx：提供 R 函数以读取/写入/格式化 Excel 2007 和 Excel 97/2000/XP/2003 文件格式。 但是，XLConnect depends on other packages XLConnectJars and rJava 也需要同时安装。
我推荐openxlsx，它功能齐全，不依赖于java

【解决方案5】：

其中一个较新的软件包是 rio 软件包。它解决了我遇到的许多导入和导出问题，并且具有仅需要一个库来导入/导出许多不同格式的额外好处。它根据文件名的扩展名确定格式。即使它使用基本相同的功能，它似乎也比其他一些软件包运行得更干净、更快。例如，对于 Excel 文件，它使用 write.xlsx 函数，但对我来说适用于大型数据集，而 write.xlsx 没有。包文档可以在here找到。

install.packages("rio")    
library(rio)

import("myfile.xlsx")
export(df, "myfile.xlsx")

【讨论】：

【解决方案6】：

我推荐 Hadley 的 readxl 包，它从 CRAN 安装，没有 Java 依赖项。

library("readxl")
my_data <- read_excel(filename, sheet = 1)

【讨论】：