“升级”到 OSX Yosemite 后，RStudio/R 中的 rJava 加载错误

Question

我最近从 OSX Mountain Lion “升级”到了 Yosemite，从 R 3.1.3 升级到了 3.2。升级后，当我立即打开 R 或 RStudio 时，我收到一条弹出消息，说我需要安装 Java 6。此外，加载 rJava 或任何依赖于 rJava 的包（例如，xlsx）导致 RStudio崩溃（当我通过直接打开R.app 尝试此操作时，R 也崩溃了）。

在尝试了在 Stack Overflow 和其他地方找到的一些修复（下面有更多详细信息）之后，我现在加载 rJava 或任何依赖于 rJava 的包不再导致 R 崩溃，但会导致以下错误：

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

但是，如果我从命令行调用 R，然后加载 rJava 或任何依赖于 rJava 的包，它似乎可以工作（或者至少我没有收到任何错误消息）。

我尝试了许多不同的尝试修复，其中一些尝试了几次，但我不太记得我按什么顺序做了什么（没有意识到这会是一个如此糟糕的问题，而且不是真的跟踪），但这里是它的要点：

• 将以下内容添加到我的.bash_profile（根据this SO answer）：

  导出 JAVA_HOME="/usr/libexec/java_home -v 1.8"
  导出 LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/server

• 从命令行重新配置java如下：

  sudo R CMD javareconf -n

• 检查了options("java.home")，发现它被设置为NULL。我尝试将其设置为以下（每个this SO question）：

  options("java.home"="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/Contents/Home/jre")

• 安装了最新的 Java 开发工具包并从源代码重新安装了 rJava（不记得我在哪里找到的）。

在尝试所有这些时，我能够加载rJava 而不会导致 R 崩溃，但收到了上面发布的错误消息。另外，当我退出RStudio时，它似乎正常关闭，但随后会弹出“RStudio意外退出”消息，表明程序在尝试关闭时崩溃了。

我最终决定安装Java for OS X 2014-001 (Java 6)，因为我似乎没有选择余地了。现在，当我打开 R 或 RStudio 时，“此软件需要 Java 6”弹出消息不再出现。但是，我仍然收到上面发布的.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava' 错误消息。

在查看我已经看过的一些帖子时，我注意到我之前错过的another SO answer，它建议使用以下命令行代码打开 RStudio，从而为 RStudio 提供正确的 java 路径：

LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio

这打开了一个 RStudio 窗口，我还能够加载 rJava 和依赖它的包而不会出错。

最后，我尝试从命令行运行 R（我以前没有这样做过）。事实证明，在命令行上，加载 rJava 或任何依赖于 rJava 的包都可以正常工作并且不会抛出任何错误。

所以，如果我从命令行使用为 RStudio 提供 java 路径的代码打开 RStudio（如上所述），我现在可以让 rJava 工作。但是，我想找到一种方法来解决潜在的问题，无论它可能是什么，以便可以以通常的 Mac 方式打开 RStudio，而无需使用命令行。我还担心安装旧版本的 Java 可能会导致问题。

有人对如何诊断和解决此问题有任何想法吗？

Answer 1

我遇到了同样的问题，并经历了与您相同的步骤。允许通过 Finder/Spotlight 启动 RStudio 的最后一步是将 libjvm.dylib 链接到 /usr/local/lib：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

添加-f标志以强制覆盖现有文件/链接

Answer 2

在 OSX El Capitan 10.11 上，用户无权写入 /usr/lib。因此，请改用以下命令：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 3

您可以通过类似运行方式显式加载 libjvm.dylib

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 4

在 macOS High Sierra (10.13.1) 和 Java 版本 9 上，您必须使用稍微不同的 JVM 路径（请注意，与早期 Java 版本的说明相比，路径中缺少 jre 文件夹）：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

您还必须通知 R JVM：

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

Answer 5

以下命令有效：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

之后，在 RStudio 中，通过加载“xlsx”包来加载 rJava。

library("xlsx")

附： #1 环境：Mac OS X El Capitan 10.11.3+ 和 RStudio 0.99.491+ 和 R 3.2.3+。 （我现在也在 macOS Sierra (10.12) 和 R.3.3.1 上对此进行了测试。）

附： #2 我发现openxlsx 要快得多并且不依赖Java 来工作，所以我现在正在使用那个包。希望对其他人有所帮助。

Answer 6

您应该能够使用 CRAN rJava，而无需重新编译 rJava 或通过将共享库链接到 R 框架库目录来执行任何其他步骤。

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Answer 7

这是我配置它在两台运行 Mac OS X El Capitan (10.11.6) 的 Mac 上正常工作的方式：

1. 通过在终端窗口中发出以下命令来卸载“rJava”：

   Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   

2. 从 Oracle 下载并安装 Java 软件：https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. 使用您喜欢的编辑器将以下行添加到/Users/<userid>/.bashrc：

   # Set JAVA_HOME so rJava package can find it
   export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre
   

4. 关闭并重新启动所有终端、R 和 RStudio 窗口（以获取对 .bashrc 的更改）。

5. 在终端窗口中运行以下命令：

   sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
   

6. 在终端窗口中运行以下命令：

   sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'
   

Answer 8

以下是它的简单步骤：

1. 删除 rJava 包：remove.packages(rJava)
2. 关闭R
3. 在你的 Mac 上安装最新的 Java
4. 打开终端并输入以下命令：sudo R CMD javareconf

5. 使用以下命令打开 R 并安装 rJava：

   install.packages("rJava", dependencies=TRUE, type="source")

Answer 9

使用最新 Java SE 10 JDK 在 OSX High Sierra 上全新安装时存在找不到映像的问题。

我能够使用 rJava Github 问题页面上的修复程序解决 rJava 的路径问题：https://github.com/s-u/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers

Answer 10

这在 MAC 上对我有用：

1. 在您的 ~/.profile 或 ~/.bashrc 添加此行： %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile（或% source .bashrc）

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. 从终端输入以下命令： %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. 加载您的library("rJava", "RWeka")

祝你好运。

Answer 11

也许是另一个不会触及您的文件系统的简单答案：

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

（用您的 JDK 路径替换 jdk1.8.0_131.jdk。）

Answer 12

检查 libjvm.dylib 文件的位置。

试试这个，在我的情况下这有效：

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 13

我完成了所有我能找到的故障排除，然后安装了 jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg 来自：Oracle downloads

之后一切都很顺利。

检查运行 library('rJava') 时未加载的库的版本，并将其与需要安装的 java 版本匹配。

Answer 14

我注意到在 Rstudio 中加载时，'rJava' 对 JDK 版本非常严格。
在我的情况下（Mac OS。10.14.6 - Mojave）我安装了 jdk-13，它针对 jdk-11 进行了测试。
我已将我的 JDK 版本链接到一个不存在的目录，该目录被 Rstudio (JDK 11) 假定为有效：

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

令人惊讶的是，它就像一个魅力......
顺便说一句，按照本机 R 中的先前说明运行“rJava”没有问题。

Answer 15

您可以在此处下载 El Capitan 的旧版 Java 版本 6：https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US 这样做之后，rJava 包对我有用。

Answer 16

下面的这一行解决了我在使用rJava 包时遇到的问题，就像本次讨论中的其他人一样。我敢肯定这个问题有不止一种解决方案，我真诚地感谢他们所有人的贡献，因为有时像下面这样的一行代码可以节省大量时间，以免浪费时间！

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 17

在命令行运行以下命令：sudo R CMD javareconf

上面的几个解决方案都提到了这一点，但他们也建议删除并随后重新安装 rJava 包。我发现这些额外的步骤是不必要的。

Answer 18

您可以使用以下命令更改 R 中的引用：

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so