R knitr Markdown：For循环内的输出图

Question

我想创建一个自动 knitr 报告，该报告将为我的数据框中的每个数字字段生成直方图。我的目标是在不指定实际字段的情况下执行此操作（此数据集包含 70 多个，我还想重用脚本）。

我尝试了几种不同的方法：

• 将绘图保存到对象p，然后在循环后调用p
  • 这只是绘制最终图
• 创建一个绘图数组PLOTS <- NULL，并将绘图附加到循环PLOTS <- append(PLOTS, p)
  • 在循环之外访问这些图根本不起作用
• 甚至尝试将每个文件保存到 .png 文件，但宁愿不必处理保存然后重新访问每个文件的开销

我担心情节装置的复杂性在逃避我。

问题

如何使以下块将循环中的每个图输出到报告中？目前，我能做到的最好的结果是通过将其保存到一个对象并在循环外调用该对象来生成最终绘图的输出。

在 RStudio 中使用 knitr 的 R 降价块：

```{r plotNumeric, echo=TRUE, fig.height=3}
suppressPackageStartupMessages(library(ggplot2))
FIELDS <- names(df)[sapply(df, class)=="numeric"]
for (field in  FIELDS){
  qplot(df[,field], main=field)  
}
```

从这一点开始，我希望进一步自定义剧情。

Answer 1

将qplot 包裹在print 中。

knitr 会在 qplot 在循环之外为您执行此操作，但是（至少我安装的版本）在循环内没有检测到这一点（这与 R 命令的行为一致行）。

Answer 2

希望添加一个简短的说明： 不知何故，我用谷歌搜索了同样的问题并进入了这个页面。 现在是 2018 年，只需在循环中使用 print()。

for (i in 1:n){
...
    f <- ggplot(.......)
    print(f)
}

Answer 3

我在 markdown 中使用子 Rmd 文件，也适用于 sweave。

在 Rmd 中使用以下 sn-p:

```{r run-numeric-md, include=FALSE}
out = NULL
for (i in c(1:num_vars)) {
  out = c(out, knit_child('da-numeric.Rmd'))
}
```

da-numeric.Rmd 看起来像：

Variabele `r num_var_names[i]`
------------------------------------

Missing :  `r sum(is.na(data[[num_var_names[i]]]))`  
Minimum value : `r min(na.omit(data[[num_var_names[i]]]))`  
Percentile 1 : `r quantile(na.omit(data[[num_var_names[i]]]),probs = seq(0, 1, 0.01))[2]`  
Percentile 99 : `r quantile(na.omit(data[[num_var_names[i]]]),probs = seq(0, 1, 0.01))[100]`  
Maximum value : `r max(na.omit(data[[num_var_names[i]]]))`  

```{r results='asis', comment="" }
warn_extreme_values=3
d1 = quantile(na.omit(data[[num_var_names[i]]]),probs = seq(0, 1, 0.01))[2] > warn_extreme_values*quantile(na.omit(data[[num_var_names[i]]]),probs = seq(0, 1, 0.01))[1]
d99 = quantile(na.omit(data[[num_var_names[i]]]),probs = seq(0, 1, 0.01))[101] > warn_extreme_values*quantile(na.omit(data[[num_var_names[i]]]),probs = seq(0, 1, 0.01))[100]
if(d1){cat('Warning : Suspect extreme values in left tail')}
if(d99){cat('Warning : Suspect extreme values in right tail')}
```

``` {r eval=TRUE,  fig.width=6, fig.height=2}
library(ggplot2)

v <- num_var_names[i]
hp <- ggplot(na.omit(data), aes_string(x=v)) + geom_histogram( colour="grey", fill="grey", binwidth=diff(range(na.omit(data[[v]]))/100))

hp + theme(axis.title.x = element_blank(),axis.text.x = element_text(size=10)) + theme(axis.title.y = element_blank(),axis.text.y = element_text(size=10))

```

在 github 上查看我的 datamineR 包 https://github.com/hugokoopmans/dataMineR

Answer 4

作为对 Hugo 出色回答的补充，我相信在 2016 年你需要包含一个print command as well：

```{r run-numeric-md, include=FALSE}
out = NULL
for (i in c(1:num_vars)) {
  out = c(out, knit_child('da-numeric.Rmd'))
}

`r paste(out, collapse = '\n')`
```

Answer 5

对于将 Rmd 编​​织成 HTML，我发现有一个数字列表更方便。在这种情况下，我通过results='hide' 获得了理想的输出，如下所示：

---
title: "Make a list of figures and show it"
output: 
  html_document
---


```{r}
suppressPackageStartupMessages({
  library(ggplot2)
  library(dplyr)
  requireNamespace("scater")
  requireNamespace("SingleCellExperiment")
})
```


```{r}
plots <- function() {
  print("print")
  cat("cat")
  message("message")
  warning("warning")
  
  # These calls generate unwanted text
  scater::mockSCE(ngene = 77, ncells = 33) %>%
    scater::logNormCounts() %>%
    scater::runPCA() %>%
    SingleCellExperiment::reducedDim("PCA") %>%
    as.data.frame() %>%
    {
      list(
        f12 = ggplot(., aes(x = PC1, y = PC2)) + geom_point(),
        f22 = ggplot(., aes(x = PC2, y = PC3)) + geom_point()
      )
    }
}
```

```{r, message=FALSE, warning=TRUE, results='hide'}
plots()
```

仅显示绘图和警告（您也可以关闭）。