【问题标题】:What does this warning message from RISmed mean?来自 RISmed 的这条警告信息是什么意思?
【发布时间】:2013-05-27 00:03:18
【问题描述】:

我刚刚发现了一个 R 包,可以从 pubmed 中检索摘要,这太棒了。但我在数据检索期间不断收到警告消息:

R2009 <- pubmed.search("R+package[tiab]+AND+2009/01/01[dp]:2009/12/31[dp]",dest="temp",format="ris")
Warning message:
In download.file(e.query, dest = temp, quiet = TRUE) :
  downloaded length 2565 != reported length 200

> nrow(as.data.frame(R2009))
[1] 82

我在 pubmed 中手动进行了搜索,找到了相同数量的文章 (82)。

我想知道警告消息是什么意思,这里有什么需要修复的吗?谢谢。

【问题讨论】:

  • 我无法重现您的错误(R 2.13.1、Ubuntu x86_64、RISmed_1.2.3)。了解您的操作系统、R 版本等会有所帮助。请提供sessionInfo()的输出
  • 请注意,这是一个警告,而不是错误。我无法在 Linux 上重现(相同的 R 和 RISmed 版本)。
  • 为我工作...网络连接问题?

标签: r


【解决方案1】:

这意味着无论下载什么文件pubmed.search(),它的长度都是2565(我猜是字节?)但是在连接协商期间报告的长度只是200字节。

我不太了解 pub med,但可以想象这样一种情况:包含正在下载的搜索结果的数据文件是动态生成的,并且最终文件大小未知,因此虚拟大小是首先报告,但实际下载流超过此大小。不时使用浏览器时,您可以直观地看到这一点 - 有时浏览器不知道下载量有多大,因此不会报告完成时间,只报告下载的数据量。

【讨论】:

    【解决方案2】:

    200 是 OK 的 HTTP 状态值,而不是下载的文件长度。令人讨厌的警告揭示了 download.file 函数的问题,并且取决于它在内部使用的方法来执行下载请求。

    【讨论】:

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