-Inf 位置权重矩阵中的内容

【问题标题】：-Inf content in a Position Weight Matrix-Inf 位置权重矩阵中的内容
【发布时间】：2018-02-22 01:08:17
【问题描述】：

当我在位置权重矩阵的某些位置有 -Inf 内容时，这意味着什么？

我正在使用 seqLogo 包。绘制 seqLogo：

library(seqLogo)

seqLogo(weight_matrix, ic.scale=TRUE, xaxis=TRUE, yaxis=TRUE, xfontsize=15, yfontsize=15)

我有：

seqLogo 中的错误（weight_matrix，ic.scale = TRUE，xaxis = TRUE，yaxis = TRUE, : PWM 的列加起来必须为 1.0

【问题讨论】：

我在 R 中加载了一个核碱基数据集，我想创建位置频率矩阵和位置权重矩阵。问题是，在频率矩阵中我有 0 的位置，在 PWM 中我有 -Inf。我也想做一个seqLogo，-Inf 会阻止我这样做吗？
因为log2(0/0.25) 是-Inf，请参阅wikipedia 了解更多信息。
-Inf 是否阻止我创建 seqLogo？因为我遇到了一个错误，我想知道是不是 -Inf 的原因。
从错误很明显，列和必须等于1，因为它是概率之和不能大于1。
请看：Accepting Answers: How does it work?.

标签： r bioinformatics bioconductor

【解决方案1】：

从错误很明显，列和必须等于1。因为它是概率之和，不能大于1。参见示例：

以下工作正常，使用 seqLogo 包中的示例 m 矩阵：

library(seqLogo)

# get example matrix
mFile <- system.file("Exfiles/pwm1", package="seqLogo")
m <- read.table(mFile)

# check if all columns have sum of 1
colSums(m)
# V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 
#  1  1  1  1  1  1  1  1 

# plot, all great!
seqLogo(m)

现在，让我们更改其中一个值，使列总和大于 1。这会给我们带来错误。

m[1, 1] <- 1

# check if all columns have sum of 1
# V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 
#  2  1  1  1  1  1  1  1 

seqLogo(m)
# Error in seqLogo(m) : Columns of PWM must add up to 1.0

其他原因可能是矩阵值已被记录。如果它们是，则使用以下方法将它们转换回概率：

plotMatrix <- 2 ^ weight_matrix * 0.25

然后绘制：

seqLogo(plotMatrix)

【讨论】：