爆炸无法创建单位计数容器答案

【问题标题】：blast could not create a unit counts container爆炸无法创建单位计数容器
【发布时间】：2016-10-27 23:49:53
【问题描述】：

我建立了一个爆炸性的本地数据库。但是，当我运行 blastn 命令时，我收到了以下错误消息：

T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.错误：ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::DiscoverStatType() - 无法打开

T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat1:c.错误：ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::create() - 无法创建单位计数容器

我正在使用这个命令来创建爆炸本地数据库：

makeblastdb -in chr23.fa -parse_seqids -dbtype nucl

这是我执行 blastn 的命令：

blastn -task megablast -db HumanGenome/blastdb/chr23.fa -window_masker_taxid 9606 -query readBatch.txt -out blastOut.txt

任何帮助将不胜感激..谢谢

【问题讨论】：

标签： c++ linux bioinformatics blast

【解决方案1】：

看来您需要先创建 WindowMasker 文件：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279687/

具体来说，第1步提到的链接内容：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/#cookbook.Create_masking_information_usin_1

【讨论】：

谢谢...问题解决了，我在 blast 命令中使用了 -window_masker_db 选项。

【解决方案2】：

如果 windowmasker 不是绝对要求，请考虑RepeatMasker

有多个安装步骤，但都非常简单。我发现他们的文档比 windowmasker 文档更好，并且他们声称具有更好的屏蔽覆盖率。

（我的经验特别是使用免费的 HMMER/Dfam 选项。）

（我赞同文斯关于创建屏蔽数据库的要求的评论......您是否尝试过在没有 windowmasker 选项的情况下运行相同的 blastn？）

【讨论】：