ComplexHeatmap 包中的切片顺序

Question

我在 R 中使用 ComplexHeatmap 包，并通过 k-mean 聚类（行和列）拆分我的热图。行的聚类工作正常。对于这些列，我得到一个 4 列集群（对照）和一个 8 列集群（处理），这很好。然而，对于一些热图，控制滑块在右侧，对于一些在左侧。我想统一订购它们（控制左，右处理）。当我使用 column_split 函数重新排列切片时，我得到 3 个簇而不是 2 个。我该如何解决这个问题？提前谢谢你。

Heatmap(mat, name = "mat", border=TRUE, rect_gp =gpar(col="white", lwd=1),
column_km = 2, row_km = 2, row_km_repeats = 100, column_km_repeats = 100,
show_parent_dend_line = FALSE,
column_split = factor(c(rep("A",8),rep("B",4)), levels = c("B","A")))

Answer 1

好的，我想出了一个想法，这不是直接的解决方案。

我没有使用默认的 k-means 分区，而是为 column_split 分配了一个分区向量。

pa = cluster::pam(t(mat), k = 2)

Heatmap(mat, name = "mat", border=TRUE, rect_gp =gpar(col="white", lwd=1),
row_km = 2, row_km_repeats = 100, show_parent_dend_line = FALSE,
column_split = paste("pam", pa$clustering))

我仍然希望有其他解决方案。