如何在 biclust 热图中显示行名和列名？答案

【问题标题】：How to show row and column names in biclust heatmap?如何在 biclust 热图中显示行名和列名？
【发布时间】：2018-10-31 22:45:46
【问题描述】：

我使用以下代码在 biclust 包中绘制了热图，但我找不到任何添加行和列名称的选项。

library(biclust)
set.seed(1234)
data(BicatYeast)
resplaid <- biclust(BicatYeast, BCBimax(), verbose = FALSE)
heatmapBC(x = BicatYeast, bicResult = resplaid)

我怎样才能画它们？

【问题讨论】：

嗨，Majid，查看how to make a great reproducible question with R。
@Roman 嗨。我编辑了问题以便轻松重现。

标签： r heatmap

【解决方案1】：

这里有一个解决方案。查看 heatmapBC 函数，您会看到默认情况下轴设置为 FALSE！您将能够使用轴命令将标签放在热图的行和列中。我使用了 BicatYeast 数据的子集版本来使图更清晰

 library(biclust)
 set.seed(1234)
 data(BicatYeast)
 d <- as.matrix(BicatYeast)[1:30, 1:20]; d
 resplaid <- biclust(d, BCBimax())
 par(mar=c(10, 6, 2, 2) + 0.1)
 heatmapBC(x = d, bicResult = resplaid, axes = F, xlab = "", ylab = "")
 axis(1, at=1:dim(d)[2], labels = colnames(d), las=2)
 axis(2, at=1:dim(d)[1], labels = rownames(d), las=2)

【讨论】：

谢谢，你知道树状图可以添加到热图中吗？
双聚类适用于关注基因簇和个体分组的基因研究。我不认为树状图有空间报告不同级别的一维分区。我认为您应该仔细查看 mixOmics 包以及集群分析和有限混合模型 CRAN 任务视图中描述的所有包。