limma 中的错误 - lmFit - chol2inv：'x' 必须是平方数字矩阵答案

【问题标题】：Error in limma - lmFit - chol2inv: 'x' must be a square numeric matrixlimma 中的错误 - lmFit - chol2inv：'x' 必须是平方数字矩阵
【发布时间】：2016-08-08 06:18:52
【问题描述】：

我找不到这个问题的答案，所以我发布解决方案以防其他人有同样的问题。

使用 Bioconductor 的 limma 包，我遇到了以下错误：

> fit <- try(lmFit(matrix, design))
Error in chol2inv(fit$qr$qr, size = fit$qr$rank) : 
  'x' must be a square numeric matrix

不是一个很有帮助的错误消息，但问题很简单。您的“矩阵”的行名不能有任何重复。检查这个

any(duplicated(rownames(matrix)))

并在必要时重命名行。

【问题讨论】：

这是一个很好的建议，但是行名重复检查并不能解决我遇到的非常相似的错误。
@DirtStats 如果您需要有关问题的帮助，您应该提供错误消息和可重现的代码 sn-p 以便其他人可以帮助您！
谢谢@sssheridan。我用类似的错误解决了我的问题。我只是发布该评论，以便其他人知道上述错误也可能有其他来源。

标签： r bioconductor

【解决方案1】：

“矩阵”的行名不能有任何重复。检查这个

any(duplicated(rownames(matrix)))

并在必要时重命名行。

【讨论】：

【解决方案2】：

limma 包lmFit() 函数确实对基本@987654322@ 函数进行了多次调用。

在我的 Windows R3.2.5 环境中更新了一些包之后，在我将矩阵对象传递给 lmFit() 函数时发生了类似的错误。安装 R 版本 3.3.1（再次在 Windows 操作系统下）确实解决了问题：将矩阵对象传递给 lmFit()（Limma 3.26.9）确实按预期返回了 MArrayLM 对象，没有来自 chol2inv 的“抱怨”功能。

升级到 R 3.3.1“头发中的虫子”有望解决其他 lmFit() 问题。

【讨论】：