堆叠栅格图层在 R 中具有不同数量的观测值

Question

我无法分析从AppEEARS 下载的 MODIS NDVI 数据（Terra 和 Aqua）。

数据在一段时间内超过一定程度，所以我将不同的层堆叠在一个文件中。

library(raster)
setwd("~/NDVI/")
NDVI <- list.files(full.names = TRUE, pattern = ".tif$")
sNDVI <- stack(NDVI)

这里没有问题，但是当我查看每层的观察数量时，它们在层之间是不同的。这使得层之间的进一步分析变得非常困难。

 layers <- 0; layers <- as.data.frame(layers)
    for (i in 1:NDVI@data@nlayers){
      layers[i,] <- length(rasterToPoints(subset(NDVI, i)))
    }

summary(layers[,1])
 Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
3330678 3340078 3342094 3341450 3343584 3345408

length(layers[,1])
[1] 142

我曾经从他们以前的系统毫无问题地下载 NDVI 图层。有谁知道我做错了什么，或者我该如何解决这个问题？ 裁剪不起作用。

感谢您的帮助！

编辑

问题是由数据中的 NA 引起的。我学习了here 如何可视化 NA：

NDVI <- reclassify(NDVI, cbind(NA, 1000)) #or some value way higher than the rest of your data

plot(subset(NDVI, 1)

这表明 NA 分布在我的范围内（我不知道为什么，因为我之前下载的数据不是这种情况）。 我需要以某种方式填充 NA，并寻求用该列中下一个非 NA 值的值填充它们的不太理想的解决方案：

library(zoo)
head(NDVI@data@values)
NDVI@data@values <- na.locf(NDVI@data@values, fromLast = T) # 'fromLast = T' makes the function take the value of the *next* rather than the *previous* value to fill in the NA.

由于 NA 占我总数据的不到 0.1%，这不会影响我要计算的每层的平均值。

这可能不是您想要处理栅格的方式，但我认为我仍然可以提供丰富的信息来编辑我的原始问题。 干杯，

Answer 1

这是评估多元栅格数组数据的糟糕方法。 raster::rasterToPoints 函数正在删除 NA，因此，长度差异。这不是 n 的差异，而是缺少数据。

数组匹配，否则您将收到raster::stack 错误。我建议对这些数据应用常见的平滑和无数据插补程序。这将处理丢失的数据，这是由于云等影响而预期的此类数据。

spatialEco 软件包的开发版本具有栅格时间序列数据的功能：smooth.time.series（NA 插补）、sg.smooth（Savitzky-Golay 平滑）和raster.kendall（Kendall 的 Tau 与 Theil-Sen 单调趋势斜率)。