R SSH 隧道 MySQL

Question

我正在寻找一种方法，允许我使用 SSH 隧道连接到 R 中的 MySQL 服务器（而不是文件）；我假设它需要 RCurl 和 RODBC 的组合，但我似乎无法让它正常工作。

我遇到了this post 和this post，它们谈论使用 SSH 连接到特定文件或表，但我希望将其用作 Shiny 应用程序的一部分，该应用程序将根据来自的输入执行不同的 SQL 查询用户，这将需要连接到服务器而不是特定文件。

我假设代码看起来与x = scp("remote.ssh.host.com", "/home/dir/file.txt", "My.SCP.Passphrase", user="username") 类似，但我是否可以将"/home/dir/file.txt" 替换为odbcConnect() 语句，或者将其替换为我要访问的特定数据库的端口号？

编辑：我用于常规 odbcConnect() 的行是 odbcConnect(dsn, uid = "userid", pwd = "password")。部分问题是，我正在 Windows 上开发它，但它将被部署到 Linux 服务器（由其他人处理），所以我正在努力弄清楚我的 server.R 代码中究竟需要使用什么连接到数据库。

Answer 1

好的，所以要在 Windows 上进行测试，要么使用 Cygwin，要么安装 OpenSSH，这样你就可以在 Windows 的命令行中运行 ssh，就像在 Linux 中一样。

在 Windows 机器上运行 ssh 后，首先尝试通过 SSH 建立隧道。从命令行运行：

ssh -f <server_user>@<server_ip>  -L <unused_local_port>:localhost:<database_remote_port> -N 

显然，用适当的信息替换“”中的所有内容。它会要求输入密码，记住这不是database 密码，而是服务器本身的密码。值得注意的是，server_ip 不必是上面有数据库的服务器，只要是在正确子网内并运行 SSH 服务器的任何服务器，几乎都是 Linux 机器。

现在，设置一个 ODBC 连接，除了 IP localhost 和端口 unused_local_port。现在，尝试在 R 中连接到您的新 ODBC 连接。如果这可行，您就成功了。

下一个问题是密码，因为您必须输入密码才能通过 SSH 连接，但在 R 中，您将无法在简单的system 命令后输入密码。所以你必须设置一些公钥/私钥 rsa 密钥对。值得注意的是，这将使任何有权访问您的用户/通过您的 Windows 框的人现在都可以自动访问您的服务器，所以要小心。首先，生成一个 SSH 密钥：

ssh-keygen -t rsa

不要设置密码，并将其保存在默认位置。现在，在远程主机上为您的公钥创建目录，然后将您的公钥放在那里。

# This creates a directory on the other machine if it wasn't already there. (Type in your password on the remote machine)
ssh <server_user>@<server_ip> mkdir -p .ssh
# This adds your public key to the list of accepted ones:
cat ~/.ssh/id_rsa.pub | ssh <server_user>@<server_ip> 'cat >> .ssh/authorized_keys'

现在尝试从命令行再次创建隧道：

 ssh -f <server_user>@<server_ip>  -L <unused_local_port>:localhost:<database_remote_port> -N 

如果它没有要求您输入密码，则您已成功创建密钥对。现在您已准备好从命令行运行 ssh 命令。但在你这样做之前，试着杀死你的 ssh 命令，这样你就可以确保 R 实际上正在创建隧道，而你不仅仅是重用旧的。您可以通过 Windows 任务管理器 (Ctrl+Alt+Esc) 完成，只需右键单击并结束处理 ssh.exe。

所以，只需运行：

system('ssh -f <server_user>@<server_ip>  -L <unused_local_port>:localhost:<database_remote_port> -N')

然后连接到您的新隧道 ODBC 连接。