在 GNU Parallel 中组合替换字符串和正则表达式答案

【问题标题】：Combining replacement strings and regular expressions in GNU Parallel在 GNU Parallel 中组合替换字符串和正则表达式
【发布时间】：2020-02-17 05:50:26
【问题描述】：

我有一个格式的文件路径列表：

/data/nicotine_sensi/bam/9-2_box_1_S23_starAligned.sortedByCoord.out.bam
/data/nicotine_sensi/bam/9-2_box_3_S101_starAligned.sortedByCoord.out.bam
/data/nicotine_sensi/bam/9-3_box_1_S24_starAligned.sortedByCoord.out.bam
/data/nicotine_sensi/bam/9-3_box_3_S102_starAligned.sortedByCoord.out.bam

我想输入一个 gnu 并行命令，以便预定义的替换字符串和 perl 或 --plus 替换字符串同时运行，但我在 tutorials 中找不到解决方案。理想情况下，{/...} 和 {%_starAligned} 将一起工作以产生：

9-2_box_1_S23
9-2_box_3_S101
9-3_box_1_S24
9-3_box_3_S102

但是，我得到的最接近的是：

parallel --rpl '{..} s:/data/nicotine_sensi/bam/::;s:_starAligned.sortedByCoord.out.bam::' \
  echo {..} ::: $(ls $bam_dir/*.bam)

这对于其他目录来说很混乱并且不是很便携。

【问题讨论】：

标签： gnu-parallel

【解决方案1】：

{/...}的定义是：

s:.*/::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::;

{%(.*)}的定义是：

s/$$1$//;

如此结合，你可以做到：

echo /data/nicotine_sensi/bam/9-3_box_1_S24_starAligned.sortedByCoord.out.bam |
  parallel --rpl '{¤([^}]+?)} s:.*/::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s/$$1$//;' echo {¤_starAligned}

如果你知道你将永远删除_something 那么：

echo /data/nicotine_sensi/bam/9-3_box_1_S24_starAligned.sortedByCoord.out.bam |
  parallel --rpl '{¤} s:.*/::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s/_[^_]+$//;' echo {¤}

如果您会经常使用它，那么将它放在个人资料中可能是个好主意。

【讨论】：