如何从 R 运行带有特定模块的 perl 脚本？答案

【问题标题】：How can I run a perl script from R with specific modules?如何从 R 运行带有特定模块的 perl 脚本？
【发布时间】：2021-01-04 17:01:02
【问题描述】：

我可以毫无问题地从终端运行 perl 脚本“myperlscript.pl”。但是，如果我尝试在 RStudio 中运行相同的 perl 脚本，则会出现以下错误：

command <- "myperlscript.pl outputfile.txt"

system2('perl', command)

Can't locate Sort/Fields.pm in @INC (you may need to install the Sort::Fields module) 
(@INC contains: 
/Library/Perl/5.28/darwin-thread-multi-2level 
/Library/Perl/5.28 
/Network/Library/Perl/5.28/darwin-thread-multi-2level 
/Network/Library/Perl/5.28 
/Library/Perl/Updates/5.28.2 
/System/Library/Perl/5.28/darwin-thread-multi-2level 
/System/Library/Perl/5.28 
/System/Library/Perl/Extras/5.28/darwin-thread-multi-2level 
/System/Library/Perl/Extras/5.28) at myperlscript.pl line 4.
BEGIN failed--compilation aborted at myperlscript.pl line 4.

我在 /Users/admin/perl5/perlbrew/perls/5.26.2/lib/site_perl/5.26.2 中安装了 Sort::Fields 模块，使用终端可以正常工作，但 RStudio 中的 perl 似乎没有为 perl 模块索引该目录 - 我尝试将其添加到 @INC 但不知何故我无法让它工作......有什么想法或想法吗？非常感谢您的帮助！

最好的，海科

【问题讨论】：

您是在 Windows 还是其他操作系统中运行？
我在 MacOs Big Sur 上运行

标签： r perl

【解决方案1】：

您遇到的问题是您的 R 代码使用的是系统 perl (5.28) 而不是您的 pelbrew perl (5.26.2)。

您需要调用system2('perl', command) 来使用 perlbrew perl 而不是系统 perl。

要在激活 perlbrew perl 的 shell 中执行此操作，请键入 which perl 这应该为您提供 pelbrew perl 的完整路径。

将此完整路径作为第一个参数传递给system2(--result of 'which perl'--, command)。

【讨论】：