加载 .rda 文件并遍历其对象答案

【问题标题】：Load a .rda file and iterate over its objects加载 .rda 文件并遍历其对象
【发布时间】：2019-09-02 12:37:12
【问题描述】：

我加载了一个 rda 文件，它基本上是一个数据帧列表。如何迭代对象？

>load(data)
>attach(data)
 The following objects are masked _by_ .GlobalEnv:

GSE109597, GSE18897, GSE32575, GSE53232, GSE55205, GSE69039,
GSE83223, GSE87493, GSE98895
> R » objects()
[1] "GSE109597" "GSE18897"  "GSE32575"  "GSE53232"  "GSE55205"  "GSE69039" 
[7] "GSE83223"  "GSE87493"  "GSE98895"

【问题讨论】：

data 是 rda 文件的路径吗？ load() 命令将返回一个向量，其中包含所有已加载对象的名称。您可以使用mget() 获取所有这些对象的列表：objs <- load(data); myobjs <- mget(objs)。我不鼓励您使用attach()。这不是一个很好的做法，看起来您可能已经做了几次，但没有正确调用 detach()，因此会出现警告消息。

标签： r rda

【解决方案1】：

两个想法：

显式加载到一个新的空环境中，然后在那里处理它们：

e <- new.env(parent = emptyenv())
load(filename, envir = e)
out <- eapply(e, function(x) {
  # do something with x
})

从?load，它返回一个“创建的对象名称的字符向量，不可见”。如果您捕获（不可见）矢量，您应该能够执行以下操作：

nms <- load(data)
for (nm in nms) {
  x <- get(nm)
  # do something with x
  # optional, save it back with assign(nm, x)
}
# or to capture all data into a list (similar to bullet 1 above)
out <- lapply(lapply(nms, get), function(x) {
  # do something with x
})

出于以下几个原因，我更喜欢第一个（基于环境的）解决方案：

它永远不会覆盖.GlobalEnv 中的任何内容...在经历了不可重现的问题的艰难历程之后，这对我来说意义重大
它鼓励类似列表的做事方式，当.rda 文件中的大多数或所有对象都是相同的“事物”（例如，框架、列表）并且我计划执行相同的操作时更重要给他们每个人
如果对数据来源有任何疑问，它不会弄乱我的任何命名空间或全局环境

【讨论】：