这是一个使用 data.table 的 := 运算符的解决方案，基于 Andrie 和 Ramnath 的答案。
require(data.table) # v1.6.6
require(gdata) # v2.8.2
set.seed(1)
dt1 = create_dt(2e5, 200, 0.1)
dim(dt1)
[1] 200000 200 # more columns than Ramnath's answer which had 5 not 200
f_andrie = function(dt) remove_na(dt)
f_gdata = function(dt, un = 0) gdata::NAToUnknown(dt, un)
f_dowle = function(dt) { # see EDIT later for more elegant solution
na.replace = function(v,value=0) { v[is.na(v)] = value; v }
for (i in names(dt))
eval(parse(text=paste("dt[,",i,":=na.replace(",i,")]")))
}
system.time(a_gdata = f_gdata(dt1))
user system elapsed
18.805 12.301 134.985
system.time(a_andrie = f_andrie(dt1))
Error: cannot allocate vector of size 305.2 Mb
Timing stopped at: 14.541 7.764 68.285
system.time(f_dowle(dt1))
user system elapsed
7.452 4.144 19.590 # EDIT has faster than this
identical(a_gdata, dt1)
[1] TRUE
请注意，f_dowle 通过引用更新了 dt1。如果需要本地副本，则需要显式调用 copy 函数来制作整个数据集的本地副本。 data.table 的 setkey、key<- 和 := 不写时复制。
接下来，让我们看看 f_dowle 把时间花在了哪里。
Rprof()
f_dowle(dt1)
Rprof(NULL)
summaryRprof()
$by.self
self.time self.pct total.time total.pct
"na.replace" 5.10 49.71 6.62 64.52
"[.data.table" 2.48 24.17 9.86 96.10
"is.na" 1.52 14.81 1.52 14.81
"gc" 0.22 2.14 0.22 2.14
"unique" 0.14 1.36 0.16 1.56
... snip ...
在那里，我将重点关注na.replace 和is.na，其中有一些矢量副本和矢量扫描。通过编写一个小的 na.replace C 函数，通过向量中的引用更新NA，可以很容易地消除这些问题。我认为这至少可以将 20 秒缩短一半。任何 R 包中都存在这样的功能吗？
f_andrie 失败的原因可能是因为它复制了整个dt1，或者创建了一个与整个dt1 一样大的逻辑矩阵，几次。其他 2 种方法一次只处理一列（尽管我只是简单地查看了NAToUnknown）。
EDIT（Ramnath 在 cmets 中要求的更优雅的解决方案）：
f_dowle2 = function(DT) {
for (i in names(DT))
DT[is.na(get(i)), (i):=0]
}
system.time(f_dowle2(dt1))
user system elapsed
6.468 0.760 7.250 # faster, too
identical(a_gdata, dt1)
[1] TRUE
我希望我一开始就这样做！
EDIT2（1 年后，现在）
还有set()。如果有很多列被循环通过，这可能会更快，因为它避免了在循环中调用[,:=,] 的（小）开销。 set 是一个可循环的 :=。见?set。
f_dowle3 = function(DT) {
# either of the following for loops
# by name :
for (j in names(DT))
set(DT,which(is.na(DT[[j]])),j,0)
# or by number (slightly faster than by name) :
for (j in seq_len(ncol(DT)))
set(DT,which(is.na(DT[[j]])),j,0)
}