使用 R 和 SQL 服务器驱动程序设置 docker 映像

Question

这可能是一个未充分说明的问题，但由于我花了将近两天时间试图让它发挥作用，我想我可以试一试：

我正在尝试设置一个可以通过 R 与 SQL Server db 通信的 docker 映像（使用 RODBC 或 odbc）

我一直遇到的问题似乎是在运行时建立连接时无法安装（或定位）必需的 SQL 服务器驱动程序：

 con <- dbConnect(odbc(),
             Driver = "SQL Server",
             Server = "xxxx",
             Database = "xxxx",
             UID = "xxx",
             PWD = “xxxx")

有没有人设置过类似的 Docker 镜像？

编辑：

这是我当前的 dockerfile（我已经尝试了多种方法，但这个会重现错误消息）

    FROM rocker/r-ver:3.5.0

    RUN apt-get -qq update \
        && apt-get -qq dist-upgrade -y \
        && apt-get -qq install git unixodbc unixodbc-dev postgresql-9.5 odbc-postgresql libssl-dev sudo -y

    COPY . /usr/local/src/myscripts
    WORKDIR /usr/local/src/myscripts

    RUN R -e 'install.packages("odbc")'
    RUN R -e 'install.packages("plumber")'

    EXPOSE 8000

    CMD ["Rscript", "plumber.R"]

运行容器并执行 odbc 命令给出：

    > library('odbc')
    > con <- dbConnect(odbc(),
    +                    Driver = "SQL Server",
    +                    Server = "xx",
    +                    Database = "xx",
    +                    UID = "xx",
    +                    PWD = "xx")
    Error: nanodbc/nanodbc.cpp:950: 01000: [unixODBC][Driver Manager]Can't open lib 'SQL Server' : file not found

Answer 1

在您的Dockerfile 中，您正在为 PostgrSQL 安装 ODBC 驱动程序，而不是为 MS SQL 服务器安装。在需要 MS SQL 的 docker 映像中，我使用了 Microsoft 的驱动程序：

FROM rocker/r-ver:3.5.1

RUN apt-get update \
 && apt-get install --yes --no-install-recommends \
        apt-transport-https \
        curl \
        gnupg \
        unixodbc-dev \
 && curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add - \
 && curl https://packages.microsoft.com/config/debian/9/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list \
 && apt-get update \
 && ACCEPT_EULA=Y apt-get install --yes --no-install-recommends msodbcsql17 \
 && install2.r odbc \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/* \
 && rm -rf /tmp/*

在我随后使用的 R 脚本中

con <- odbc::dbConnect(odbc::odbc(),
                 Driver = "ODBC Driver 17 for SQL Server",
                 Server = Sys.getenv("SERVER"),
                 Database = Sys.getenv("DB"),
                 UID = Sys.getenv("USER"),
                 PWD = Sys.getenv("PWD"))