从networkx中的文件中读取具有pos属性的节点

Question

我是 Networkx 的新手。我有一个包含以下格式的节点位置的文件

0 : 23.23 12.23

其中0 是一个节点，23.23 和12.23 分别是 X 和 Y 坐标。 有谁知道如何读取具有pos 属性的节点，使用read_edgelist(...) 之类的函数或类似的解决方法？

谢谢

Answer 1

对于read_edgelist，您假设您已经存在一个边缘列表。但是，您提供的是节点 + 属性。

由于您从具有文件格式（在您的 cmets 中说明）的文件开始，因此第一个挑战是将其转换为易于解析的格式。出于这个原因，我建议使用 CSV 文件格式。要对您的文件执行此操作，我将启动终端（Linux 和 Mac）cd 进入您的文件所在目录，然后运行以下两个命令：

sed -n 's/ : /,/gpw nodes_replaced1.txt' nodes.txt

这将读取nodes.txt（或您的文件），将所有出现的:（包括空格）替换为,，并将其保存为nodes_replaced1.txt。您可以随意更改文件名。

完成后，在终端中运行以下命令

sed -n 's/ /,/gwp nodes.csv' nodes_replaced1.txt

这将做类似的事情，除了读取nodes_replaced1.txt，将[spaces]替换为,，并将其写入CSV文件。

一旦您有了 CSV 文件，我建议您使用 Pandas 打开 CSV 文件并执行以下操作以将节点添加到您的图表中：

In [1]: import pandas as pd

In [2]: import networkx as nx

In [5]: nodes = pd.read_csv('nodes.csv', header=None)

In [6]: nodes
Out[6]: 
   0      1      2
0  0  52.88  52.53
1  1  56.63  49.53
2  2  38.60  69.81
3  3  43.00   2.88

In [7]: G = nx.Graph()

In [8]: G
Out[8]: <networkx.classes.graph.Graph at 0x105e94cd0>

In [9]: for row in nodes.iterrows():
   ...:     G.add_node(row[1][0], x=row[1][1], y=row[1][2])
   ...: 

In [10]: G.nodes(data=True)
Out[10]: 
[(0.0, {'x': 52.880000000000003, 'y': 52.530000000000001}),
 (1.0, {'x': 56.630000000000003, 'y': 49.530000000000001}),
 (2.0, {'x': 38.600000000000001, 'y': 69.810000000000002}),
 (3.0, {'x': 43.0, 'y': 2.8799999999999999})]

您会注意到，当我只调用G.nodes() 时，没有x & y 位置数据。但是，当我调用G.nodes(data=True) 时，会合并 x 和 y 位置数据。

有关如何创建图表以及如何放入与任何节点、边或图表关联的“属性”的更多信息，请参阅此页面：http://networkx.github.io/documentation/latest/tutorial/tutorial.html#nodes

最后，如果@Aric 出现回答这个问题，如果我错了，请纠正我！