可能在 Snakefile 中覆盖的默认内存请求？

Question

我有一个包含多个规则的 Snakefile，只有少数需要超过 1 GB/核心才能在集群上运行。 resources 指令对此非常有用，但我找不到设置默认值的方法。我宁愿不必为每个不需要超过默认值的规则编写resources: mem_per_cpu = 1024。

我意识到我可以在 cluster config file 中使用 __default__ 并覆盖特定规则的 mem_per_cpu 值来获得我想要的东西。我犹豫要不要这样做，因为内存要求与平台无关，所以我更愿意将它们包含在 Snakefile 本身中。它还会阻止我使用--resources 命令行选项指定本地资源限制。

是否有一个简单的 Snakemake 解决方案可以帮助我？谢谢！

Answer 1

我在阅读 Snakemake 的 changelog 时遇到了这个：

添加--default-resources 标志，允许定义默认资源 对于作业（例如 mem_mb、disk_mb），请参阅文档。