R中具有相同列模式的多个数据帧的平均值

Question

我有多个数据帧或文件，我想获取每个数据帧中列的平均值并将它们写回。

我所有数据帧的模式。所以这就是我所有文件的列标题的命名方式。

names(WGCNA_avg_gene)
 [1] "Family"    "Symbol"    "C1_S1_S7"  "C1_S3_S9"  "C2_S1_S10" "C2_S2_S11" "C3_S1_S13" "C3_S2_S14" "C3_S3_S15"
[10] "C4_S1_S16" "C4_S2_S17" "C4_S3_S18" "C5_S1_S19" "C5_S2_S20" "C5_S3_S21" "C6_S1_S22" "C6_S2_S23" "C6_S3_S24"

到目前为止，我正在做的是这种方式

WGCNA_avg_gene  <- e %>% mutate(C1 = rowMeans(.[grep("C1", names(.))]), 
                                C2 = rowMeans(.[grep("C2", names(.))]),
                                C3 = rowMeans(.[grep("C3", names(.))]),
                                C4 = rowMeans(.[grep("C4", names(.))]),
                                C5 = rowMeans(.[grep("C5", names(.))]),
                                C6 = rowMeans(.[grep("C6", names(.))]))

names(WGCNA_avg_gene)

one = WGCNA_avg_gene %>% select(Family,Symbol,C1,C2,C3,C4,C5,C6)
names(one)[2] = "Gene"

我正在获取每个数据帧的平均值，然后将其转租。

阅读后需要做的步骤，我理解的就是这个。

• 读取文件夹中的所有文件
• 将它们列成一个列表。
• 可能把使用函数加入到列表中。

但我可以读取文件并获得一个列表，但我不确定如何将我为单个数据帧计算的高于平均值的平均值应用到我的列表中并执行相同操作。

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

用list.files列出你要读取的所有文件，用lapply读取每个文件，根据列名将它们分成不同的组，并取每一个的平均值。

list_of_files <- list.files('csv/folder/',pattern = '\\.csv$', full.names = TRUE)

lapply(list_of_files, function(x) {
    tmp <- read.csv(x)
    t1 <- tmp[-(1:2)]
    cbind(tmp[1:2], sapply(split.default(t1, 
          sub('_.*', '', names(t1))), rowMeans, na.rm = TRUE))
}) -> result

如果要将结果写回每个文件的新数据帧。

lapply(list_of_files, function(x) {
  tmp <- read.csv(x)
  t1 <- tmp[-(1:2)]
  result <- cbind(tmp[1:2], sapply(split.default(t1, 
                   sub('_.*', '', names(t1))), rowMeans, na.rm = TRUE))
  write.csv(result, paste0('result_', basename(x)), row.names = FALSE)
})