如何处理bash中的每一行答案

【问题标题】：How to process every other line in bash如何处理bash中的每一行
【发布时间】：2021-04-17 03:45:54
【问题描述】：

我想打印奇数行 (1,3,5,7..) 而不做任何更改，但偶数行 (2,4,6,8) 处理以 grep 开头的管道。我想将所有内容写入新文件（奇数行没有任何更改，偶数行的新值）。

我知道如何在 awk 中打印每隔一行：

awk ' NR % 2 == 1 { print; } NR % 2 ==0 {print; }' file.fasta

但是，对于偶数行，我不想使用 {print; }，但我想使用我的 grep 管道。

我们将不胜感激。非常感谢。

【问题讨论】：

标签： bash awk

【解决方案1】：

如果您打算做一个简单的grep，您可以取消额外的步骤并在 awk 本身内进行过滤，例如：

awk 'NR % 2 {print} !(NR % 2) && /pattern/ {print}' file.fasta

但是，如果您打算做更多事情，就像chepner already pointed out，您确实可以从 awk 内部进行管道传输。例如：

awk 'NR % 2 {print} !(NR % 2) {print | "grep pattern | rev" }' file.fasta

这会打开一个到命令"grep pattern | rev" 的管道（注意周围的引号）并将打印输出重定向到它。请注意，这种情况下的输出可能与您预期的不同；您最终将首先输出所有奇数行，然后是管道命令的输出（消耗偶数行）。

（响应您的 cmets）计算每个偶数行中的字符数，尝试：

awk 'NR % 2 {print} !(NR % 2) {print length($0)}' file.fasta

【讨论】：

【解决方案2】：

你可以直接从awk内部管道：

awk ' NR % 2 == 1 { print; } NR % 2 ==0 {print | "grep -o [actgnACTGN] | wc -l"; }' file.fasta

但是请注意，这不会保留输入文件的顺序。

（选择的答案更适合手头的任务，但我将把这个答案留在这里作为将 print 语句传递给外部命令的示例。）

【讨论】：

谢谢，我已经用 awk ' NR % 2 == 1 { print; } NR % 2 ==0 {打印 | grep -o [actgnACTGN] | wc -l }' file.fasta （为了计算行中的字母数）但是 wc 有问题说明：awk：第 1 行：wc 处或附近的语法错误（所以我猜问题出在我的管道中：）
不保持秩序是什么意思？
@Perlnika 他的意思是你最终会首先输出所有奇数行，然后是管道输出（消耗所有偶数行）
在我运行的简短测试中，打印了所有奇数行，然后是grep 输出的偶数行。这是因为 grep 的输出可能需要与 awk 的输出合并，这可能是不确定的。此外，这可能效率低下，因为我认为每个偶数行都会分叉一个单独的 grep。
对不起，我认为我已修复的引用中有一个错误。查看我的更新。

【解决方案3】：

为了使您的管道输出与 AWK 输出按顺序显示，您需要在每次迭代时关闭管道。当然，这是非常低效的。

awk 'BEGIN{ cmd = "grep -io \047[actgn]\047 | wc -l" } NR % 2 { print } NR % 2 == 0 { print | cmd; close(cmd) }' file.fasta

您显然不想计算不在指定列表中的字符，因此length($0) 将不起作用。这将起作用并且应该比管道方法快很多：

awk 'NR % 2 { print } NR % 2 == 0 {n = split($0, a, /[^actgnACTGN]/); print length($0) - n + 1}' file.fasta

它的工作原理是使用您不想要的字符作为分隔符分割行，然后从行的长度中减去子字符串的计数并加 1。本质上，它减去了数字从行的长度中删除不需要的字符，结果是需要的字符数。

【讨论】：