Rmarkdown：显式指定块内绘图的图形大小答案

【问题标题】：Rmarkdown: Explicitly specify the figure size of a plot within a chunkRmarkdown：显式指定块内绘图的图形大小
【发布时间】：2022-04-14 09:15:06
【问题描述】：

我正在使用 RMarkdown 在功能上使用 results = 'asis' 和 purrr::map 创建文档。在每次purrr 迭代中，都会从块中产生多个图。它们中的大多数大小相同，并且可以使用图形大小的块选项进行设置。然而，一两个需要有不同的大小。由于循环/映射的设置方式，无法将代码分成不同的块。

我找到的最接近的是http://michaeljw.com/blog/post/subchunkify/，但是当我在需要不同大小的绘图上使用它时，它会导致使用 print() 函数输出的第一次迭代的绘图在 subchunkify 的绘图位置被回收.

有没有一种不同的、不那么老套的方法来做到这一点？或者在 subchunkify 代码中是否有一些可以修复的明显内容？

这里是subchunkify()：

subchunkify <- function(g, fig_height=7, fig_width=5) {
  g_deparsed <- paste0(deparse(
    function() {g}
  ), collapse = '')

  sub_chunk <- paste0("
  `","``{r sub_chunk_", floor(runif(1) * 10000), ", fig.height=", fig_height, ", fig.width=", fig_width, ", echo=FALSE}",
  "\n(", 
    g_deparsed
    , ")()",
  "\n`","``
  ")

  cat(knitr::knit(text = knitr::knit_expand(text = sub_chunk), quiet = TRUE))
}

【问题讨论】：

标签： r r-markdown

【解决方案1】：

您可以为地块创建所有规格的列表，然后使用purrr::pwalk：

```{r, echo = FALSE, results = 'asis'}
library(ggplot2)
library(purrr)
plots <- map(1:3, ~ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point())
specs <- list(plots, fig_height = 1.5, fig_width = list(2, 3, 4))
pwalk(specs, subchunkify)
```

【讨论】：

这不是问题。问题是，尽管使用了 runif()，但文件似乎在循环的每次迭代中都以相同的文件名结束。

【解决方案2】：

这可能为时已晚，但我想分享我使用subchunkify() 破解重用绘图问题的方法。

subchunkify() 的主要思想是将情节嵌入到伪子块中。每个伪子块都需要一个唯一的名称才能在编织时正确引用最终文件。 Subchunkify() 使用随机数生成器 - runif() 来获得唯一的 pname，除了处理循环或复杂的降价块之外，它大部分时间都有效。

根据我的观察，重用绘图问题的原因是锁定了随机数种子。我怀疑编织过程错误地将种子锁定在复杂的降价结构中 - 比如 set.seed()，这导致从 runif() 获得相同的随机数列表，最终在多个位置引用相同的图。

添加后缀 id 可以解决此问题，因为它保留了唯一的子块名称。另一种 hacky 方法是在每次需要 subchunkify() 时解锁随机数种子。

subchunkify <- function(g, fig_height=7, fig_width=5, id = NULL) {
  rm(.Random.seed, envir = globalenv()) # to remove locked seed
  g_deparsed <- paste0(deparse(function() {g}), collapse = '')
  sub_chunk <- paste0("
  `","``{r sub_chunk_", id, "_", floor(runif(1) * 100000), ", fig.height=", fig_height, ", fig.width=", fig_width, ", echo=FALSE}",
    "\n(", 
  g_deparsed
  , ")()",
  "\n`","``
  ")

  cat(knitr::knit(text = knitr::knit_expand(text = sub_chunk), quiet = TRUE))
}

rm(.Random.seed, envir = globalenv()) 是唯一添加的代码行。对我来说，这个快速修复就像一个魅力。

顺便说一句，我还鼓励在随机数中包含更多数字。 runif() 偶然可以通过足够的迭代输出相同的数字。将floor(runif(1) * 10000) 用于单个降价文档中的 50 个嵌入图，它实际上有大约 10% 的机会至少有一个冲突。使用floor(runif(1) * 1000000) 而不是floor(runif(1) * 10000) 以减少意外发生随机数冲突的机会。

【讨论】：

【解决方案3】：

所以我还没有找到subchunkify() 的替代方案，但是我确实解决了这个问题，它在每次循环迭代中重用相同的图（尽管我还没有深入研究为什么会这样）。

我向subchunkify() 添加了一个id 参数并将其包含在文件名中，然后在我的循环/映射中创建了一个id 值，该值将是每次迭代中唯一的变量组合每一个。

subchunkify <- function(g, fig_height=7, fig_width=5, id = NULL) {
  g_deparsed <- paste0(deparse(
    function() {g}
  ), collapse = '')

  sub_chunk <- paste0("
  `","``{r sub_chunk_", id, "_", floor(runif(1) * 10000), ", fig.height=", fig_height, ", fig.width=", fig_width, ", echo=FALSE}",
  "\n(", 
    g_deparsed
    , ")()",
  "\n`","``
  ")

  cat(knitr::knit(text = knitr::knit_expand(text = sub_chunk), quiet = TRUE))
}

所以我不确定为什么subchunkify 中的runif 未能在每次迭代中产生不同的文件名。我怀疑它与knitr 缓存的工作方式有关。我注意到，如果我的循环的后续迭代最终通过相同的条件链生成图 A，那么图 A 将在条件链匹配的任何地方重复使用。但是，如果在不同的条件分支上进行迭代以生成图 B，它将正确生成新图。（但是，图 B 将在所有具有相同条件分支结尾的地方重用）。

这仍然不能解释为什么我用id 引入一个唯一的文件名有效，但使用runif 不能，因为在这两种情况下文件名都应该是唯一的，所以这只是一个猜测。

所以我想如果其他人有问题，我在这里有一个解决方案，但没有解释。非常不满意，但成功了！

【讨论】：