使用 tifffile 拆分 BigTiff答案

【问题标题】：Splitting a BigTiff using tifffile使用 tifffile 拆分 BigTiff
【发布时间】：2021-05-28 03:09:14
【问题描述】：

我无法拆分 BigTiff。我最初使用来自这个question 的@Ivan 代码。由于我使用的是大于 4GB 的 .tif，因此我不得不对其进行一些修改。枕头does not supportBigTiffs。所以我最终使用了tifffile。代码正在运行，尽管图像没有被剪切到box 参数。我认为它必须这样做 tifffile 将图像读取为 numpy array 并且实际上没有被任何东西剪辑？？？

我还注意到，当这段代码运行时，我的记忆力即将耗尽。我尝试将数据类型分配给未分配的 8 位，这非常有帮助。我也应该压缩它吗？我不想过多地更改数据，因为我将对它们进行分类并且不想丢失/更改数据。

import os
from itertools import product
import tifffile

def tile(filename, dir_in, dir_out, d):
    name, ext = os.path.splitext(filename)
    img = tifffile.imread(os.path.join(dir_in, filename))
    print(type(img))
    w = img.shape[0]
    h = img.shape[1]


    grid = list(product(range(0, h - h % d, d), range(0, w - w % d, d)))
    for i, j in grid:
        box = (j, i, j + d, i + d)
        out = os.path.join(dir_out, f'{name}_{i}_{j}{ext}')
        img = img.clip(box)
        img = img.astype('uint8')
        tifffile.imsave(out, img)


tile('Orthomosaic_export_MonFeb01193821460106.tif',
     r'D:\ortho',
     r'D:\model_images',
     1000)

【问题讨论】：

img.clip 剪切数组中的值。它不会改变形状。请改用slicing。
@cgohlke 所以img=img[box]?

标签： python memory tiff clip

【解决方案1】：

最终将这个answer 合并到我的代码中并最终让它运行。

import os
import tifffile

def tile(filename, dir_in, dir_out):
    name, ext = os.path.splitext(filename)
    img = tifffile.imread(os.path.join(dir_in, filename))

    windowsize_r = 10000
    windowsize_c = 10000

    i = 0
    for r in range(0, img.shape[0] - windowsize_r, windowsize_r):
        for c in range(0, img.shape[1] - windowsize_c, windowsize_c):
            window = img[r:r + windowsize_r, c:c + windowsize_c]
            out = os.path.join(dir_out, f'{name}_{i}_{ext}')
            tifffile.imsave(out, window)
            i = i + 1

tile('Shopfield_Orthomosaic_export_MonFeb01193821460106.tif',
     r'D:\ortho',
     r'D:\model_images')

【讨论】：