从 R 中的两列获取唯一组合答案

【问题标题】：Get unique combination from two columns in R从 R 中的两列获取唯一组合
【发布时间】：2015-12-07 09:59:57
【问题描述】：

我有一个file.csv，格式如下。我需要做的是比较LeftChr 和RightChr 列并获取uniqe 组合并剥离chr 以获得result 附加t 与文件名的每个唯一组合，如result 所示下面。

>Id LeftChr LeftPosition    LeftStrand  LeftLength  RightChr
4465    chr1    33478980    +   60  chr1
4751    chr1    37908641    +   370 chr2
1690    chr1    37938262    -   112 chr5
4464    chr1    37938376    +   122 chr2
4463    chr2    59097215    +   675 chr2

结果

file.csv:  t(1:1), t(1:2), t(1:5),t(2:2)

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

假设您已将其读入名为 data 的数据框中：

x = with(data, unique(gsub(pattern = "chr",
                       replacement = "",
                       x = paste("t(", LeftChr, ":", RigthChr, ")"))))

paste("file.csv: ", paste(x, collapse = ", "))

【讨论】：

谢谢。由于我使用 list.files 对多个文件执行此操作，如何在结果中添加文件名？
把它变成一个文件的函数，并在我的paste() 命令中将"file.csv: " 替换为file, ": "，其中file 是您存储文件名的变量。

【解决方案2】：

dat <- read.table(text="
Id LeftChr LeftPosition    LeftStrand  LeftLength  RightChr
4465    chr1    33478980    +   60  chr1
4751    chr1    37908641    +   370 chr2
1690    chr1    37938262    -   112 chr5
4464    chr1    37938376    +   122 chr2
4463    chr2    59097215    +   675 chr2
", head=T, as.is=T)

dat %>% 
  mutate(lc=gsub("chr", "", LeftChr), rc=gsub("chr", "", RightChr)) %>%
  select(lc, rc) %>%
  group_by(lc, rc) %>%
  unique
Source: local data frame [5 x 2]
# Groups: lc, rc [4]
#
#      lc    rc
#   (chr) (chr)
# 1     1     1
# 2     1     2
# 3     1     5
# 4     2     2

【讨论】：