迭代和匹配列表 [DNA 序列] 中的对以附加值答案

【问题标题】：Iterating and matching pairs in a list [DNA sequences] to append the values迭代和匹配列表 [DNA 序列] 中的对以附加值
【发布时间】：2020-11-11 21:37:17
【问题描述】：

你好，

我正在尝试创建一个 for 循环来读取 DNA 序列列表和获取所有对的值。这个想法是阅读当前和下一项用该对的特定值对其进行数学运算，然后将其附加到最终列表中。

这是一个例子：
AA= 5
AT=6
AC=13
AG=8
CA= 6
TG= 12
...[等]
DNA_seq= [A,A,C,A,T,G]
这 5 对 (AA,AC,CA,AT,TG) 应该给我 42 的值

所以，这就是我正在尝试的；我首先定义一个方法来获取下一个 item:
（我知道有一个内置的 next 函数，但它不是工作）


    def nextbase():
        next_base= next(base)
        return next_base

然后：


    AA=5
    AT=4
    AC=3
    AG=2
    TA=5
    TT=4
    TC=3
    TG=2
    CA=5
    CT=4
    CC=3
    CG=2
    GA=5
    GT=4
    GC=3
    GG=2
    
    stacking= []
    for strand in dsDNA:
        for b in strand:
            base= iter(b)
            if base =='A':
                if nextbase() == 'A':
                    append.stacking(AA)
                elif nextbase() == 'T':
                    append.stacking(AT)
                elif nextbase() == 'C':
                    append.stacking(AC)
                elif nextbase() == 'G':
                    append.stacking(AG)
            elif base=='G':
                if nextbase() == 'A':
                    append.stacking(GA)
                elif nextbase() == 'T':
                    append.stacking(GT)
                elif nextbase() == 'C':
                    append.stacking(GC)
                elif nextbase() == 'G':
                    append.stacking(GG)
            elif base=='c':
                if nextbase() == 'A':
                    append.stacking(CA)
                elif nextbase() == 'T':
                    append.stacking(CT)
                elif nextbase() == 'C':
                    print('yes')
                    append.stacking(CC)
                elif nextbase() == 'G':
                    append.stacking(CG)
            elif base=='T':
                if nextbase() == 'A':
                    append.stacking(TA)
                elif nextbase() == 'T':
                    append.stacking(TT)
                elif nextbase() == 'C':
                    append.stacking(TC)
                elif nextbase() == 'G':
                    append.stacking(TG)
            else:
                print('eror') 
    print(stacking)

但是它只是不工作它只会打印错误，因为它无法识别任何东西，有谁知道是否有任何有效的方法可以做到这一点？谢谢！！

【问题讨论】：

标签： python loops iterator next dna-sequence

【解决方案1】：

这并不难做到：首先创建一个字典，其中包含每对的“权重”。然后遍历 dna-sequence 并总结从该字典中检索到的值：

dict={'AA':5,
      'AT':4,
      'AC':3,
      'AG':2,
      'TA':5,
      'TT':4,
      'TC':3,
      'TG':2,
      'CA':5,
      'CT':4,
      'CC':3,
      'CG':2,
      'GA':5,
      'GT':4,
      'GC':3,
      'GG':2 }

DNA_seq= ['A','A','C','A','T','G']
total = sum([dict[DNA_seq[i]+DNA_seq[i+1]] for i in range(len(DNA_seq)-1) ])

print(total)
>>> 19

【讨论】：