在甲基试剂盒 R 中选择了未定义的列答案

【问题标题】：undefined columns selected in methylkit R在甲基试剂盒 R 中选择了未定义的列
【发布时间】：2020-01-30 22:03:39
【问题描述】：

我正在尝试在甲基套件中创建一个对象，我的数据最初来自 BSSeeker2，但我对其进行了转换，以便可以在 Methylkit 中使用它，首先我尝试使用他们在此站点 http://zvfak.blogspot.com/2012/10/how-to-read-bsmap-methylation-ratio.html 上使用的转换。代码行是pool1= methRead("pool1_v2_2018_methcall.CGmap.chr.sorted",sample.id="pool1",assembly="Pm", header=FALSE, context="CpG", resolution="base", pipeline=list(fraction=TRUE, chr.col=1, start.col=2, end.col=3, coverage.col=4, strand.col=5, freqC.col=6))

在这里，我在[.data.frame(data, , coverage.col) 中遇到错误错误：选择了未定义的列。有了这个，我使用函数 read.table 来查看我的列是否正确放置，如图所示。注意 FALSE 变成了 +

 V1   V2    V3    V4  V5   V6
1 chr1  630  631  1 FALSE 1.00
2 chr1  975  976  4 FALSE 0.00
3 chr1 1035 1036 10 FALSE 0.00
4 chr1 1071 1072 28 FALSE 0.29
5 chr1 1095 1096 16 FALSE 0.19
6 chr1 1155 1156  4 FALSE 0.75

在此之后，我使用 read.table 将日期转换为适合 amp 格式的头部

   V1   V2   V3  V4 V5  V6  V7
1  630 chr1  630  +  1 100   0
2  975 chr1  975  +  4   0 100
3 1035 chr1 1035  + 10   0 100
4 1071 chr1 1071  + 28  29  71
5 1095 chr1 1095  + 16  19  81
6 1155 chr1 1155  +  4  75  25

在这里，我在[.data.frame(data, , 5) 中收到错误错误：已选择未定义的列。因此，coverage 列一定有问题，但我无法弄清楚它是什么，我是 R 新手，所以我不知道这是甲基试剂盒还是 R 本身的错误。我希望你们能帮助我。

【问题讨论】：

对我来说，您的数据似乎没有列名。它们被简单地命名为“V1”、“V2”、“V3”。然而，您似乎正在尝试使用它们。喜欢sample.id="pool1"。
感谢您的回答，V1 等不是我的列名，我没有任何列名，因此'header= FALSE'。据我所知，我认为 sample.id 是您目标的名称，因此您想如何称呼它。我可以尝试在这里使用原始文件名，但我认为这不是问题

标签： r

【解决方案1】：

使用制表符分隔的文件作为输入文件（不是 csv 或其他分隔符）。

回复较晚，但希望对寻求答案的人有所帮助

【讨论】：