如何使用 scikit-learn 剪影分数计算 scipy 的 fcluster 的剪影分数？答案

【问题标题】：How to calculate Silhouette Score of the scipy's fcluster using scikit-learn silhouette score?如何使用 scikit-learn 剪影分数计算 scipy 的 fcluster 的剪影分数？
【发布时间】：2023-04-05 10:49:01
【问题描述】：

我使用 scipy.cluster.hierarchy.linkage 作为聚类算法，并将结果链接矩阵传递给scipy.cluster.hierarchy.fcluster，以获得各种阈值的扁平聚类。

我想计算结果的剪影分数并比较它们以选择最佳阈值，我不想自己实现它，而是使用 scikit-learn 的sklearn.metrics.silhouette_score。如何重新排列我的聚类结果作为 sklearn.metrics.silhouette_score 的输入？

【问题讨论】：

标签： python scipy scikit-learn hierarchical-clustering

【解决方案1】：

你不必这样做。

fcluster 的结果可以直接输入到 silhouette_score 中。

distmatrix1 = scipy.spatial.distance.squareform(distmatrix + distmatrix.T)
ddgm = scipy.cluster.hierarchy.linkage(distmatrix1, method="average")
nodes = scipy.cluster.hierarchy.fcluster(ddgm, 4, criterion="maxclust")
metrics.silhouette_score(distmatrix + distmatrix.T , nodes, metric='euclidean')

【讨论】：