【发布时间】：2016-01-18 20:48:28
【问题描述】：
我对R知之甚少，但我需要将matlab中层次聚类产生的树状图转换为R树状图结构。下表显示了matlab函数中层次聚类得到的树状图；其中第一列和第二列是对象或分支的 ID，第三列是距离。
有没有办法将此表（或 matlab 树状图）映射到 R 树状图？
【问题讨论】：
标签： r matlab hierarchical-clustering dendrogram
【发布时间】：2016-01-18 20:48:28
【问题描述】：
我认为，在 R 中创建树状图的最简单方法是使用 matlab 分析的一些中间结果，而不是使用最终表格。
假设您有一个称为 Diss_Mat 的相异矩阵（您绝对应该在 matlab 算法的某个时间点对其进行评估），您可以执行以下操作
DIST_Mat=as.dist(Diss_Mat) #create a dist type object
dendro=as.dendrogram(hclust(DIST_Mat))
第二行在 R 中执行层次聚类，然后创建树状图类型对象。
【讨论】：
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Diss_Mat 矩阵的结构应该是什么？
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它是一个相异矩阵，就像你可以使用
pdist函数得到的一样。 link 这样的矩阵应该是正值且对称的（至少如果您使用适当的距离）并且包含与每对点之间的距离相关的信息。 -
我正在使用“自定义距离”来衡量数据点之间的相似性。假设我们有 3 个点（a，b，c）。我假设矩阵应该是这样的： m = [D(a,b); D(a,c); D(b,c)] 。然后，我找到 DIST_Mat=as.dist(m)。对吗？
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你的矩阵应该是这样的：[0, D(a,b), D(a,c); D(b,a),0,D(b,c); D(c,a),D(c,b),0] 通过在 R 中调用
as.dist()，您将获得hclust函数所需的dist类型，如上所述。希望你会发现它有用。