R 自组织子集

【问题标题】：R Self Organising SubsetR 自组织子集
【发布时间】：2012-08-05 00:56:51
【问题描述】：

我有一个有一百行的矩阵。有没有办法获得与第一行最相似的十行的子集。

res2 <- matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=10, nrow=100)

set1 <- subset(res2, res2 >condition1)
set1[with(set1, order(condition)), ]
set2 <- head(set1,10)

【问题讨论】：

你如何定义最相似的？
具有最接近的相似模式。
我认为这个问题很有趣，我相信其他人也可能如此，但您没有提供太多信息（正如 Christoph 指出的那样），也没有可重复的示例（至少是数据集）。 Levenshtein 作为一种可能的方法浮现在脑海中（可能是agrep）
我将尝试发布一个示例和一个可以改进的可能的起始解决方案

标签： r

【解决方案1】：

也许：

生成数据：

set.seed(101)
res2 <- matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=10, nrow=100)

计算距离矩阵。这是非常低效的，因为我们正在计算所有的成对距离，但它的编码效率很高且易于使用，并且您有很多距离度量可供选择（请参阅?dist，查找method ）。对于这个尺寸问题，它非常快。

dd <- dist(res2)
rr <- rank(as.matrix(dd)[1,])

您会注意到第一行的第一个元素的等级（即第 1 行与其自身之间的距离）为 1，其值 (as.matrix(dd)[1,1]) 为零。所以我们现在需要的只是距离接下来十个最小的行......

res2[rr>1 & rr<=11,]

【讨论】：

太棒了！非常感谢您漂亮的解决方案。