在数据框上运行 T.test 并将结果按 col1 和 col3 分组

Question

大家好，我是 R 新手，我正在尝试使用 R 的统计能力进行分析。下面是我拥有的数据框的示例

Gene_Name Expression Cell Type
Gene_1         1    A
Gene_1         1.1  A
Gene_1         1.2  A
Gene_2         2.1  A
Gene_2         2.1  A
Gene_2         2.1  A
Gene_3         3.1  A
Gene_3         3.2  A
Gene_3          3   A
Gene_1          2   B
Gene_1         2.1  B
Gene_1         2.2  B
Gene_2         3.1  B
Gene_2         3.2  B
Gene_2         3.3  B
Gene_3          1   B
Gene_3         1.1  B
Gene_3         1.2  B

我有一个数据框，其中包含 100 个不同细胞系中 10 个基因的表达数据。每个细胞系中每个基因的表达都检查了 3 次，这就是为什么我们要对重复次数进行 t.test

我想在 A、B、C 类型的细胞中对 Gene_X (X=1,2,3,4,5....) 运行 t.test。我使用以下代码拆分数据

p <- split.data.frame(df, df$cell type) 

它根据单元格类型创建了一个数据框列表。然后我使用 lapply 进一步分组数据并创建按基因名称分组的数据框列表

k<-lapply(p, function(x) {split.data.frame(x,x$Gene_Name)})

当我按如下方式在 K 上运行 t.test 时出现错误

ttest<-lapply(k, function(y){t.test(y,y[2])})

var(x) 中的错误：is.atomic(x) 不是 TRUE

谁能解释一下我做错了什么以及如何解决它

谢谢你帮助我！！

Answer 1

我不清楚您要测试什么假设。你能更详细地解释一下吗？拥有可重现的代码也会有所帮助——您发布的内容显然不是您实际使用的内容，因为它包含语法错误。