rstatix 无法识别 wilcox_test 中的列答案

【问题标题】：rstatix failing to recognise columns in wilcox_testrstatix 无法识别 wilcox_test 中的列
【发布时间】：2020-05-22 03:15:09
【问题描述】：

我在 R 中有一个 data.frame，其中包含大多数类型的列：

df <- data.frame(ID = c(1, 2, 3, 4), 
                 Gender = c("Male", "Male", "Female", "Male"),
Average_Score_Test_1 = c(1.2,2.4,3.2,1.8),
Average_Score_Test_2 = c(3.2, 2.8, 1.7, 2.5),
Qualification = c("UG","UG","UG","PG")
)

虽然有成千上万的列和行。我有几个列组名称的向量，例如

DV_Type1 <- c("Average_Score_Test_1", "Average_Score_Test_2")

对变量进行分组也是如此

Type1_Group <- c("Gender", "Qualification")

然后我运行了一个嵌套的 for 循环，该循环遍历每个向量的元素以运行显着性测试等...

这对于 kruskal_test 运行完美，例如

df %>%
  kruskal_test(df[[DV_Type1[1]]] ~ df[[Type1_Group[1]]])

但使用完全相同的代码，但我得到的是 wilcox_test 而不是 kruskal_test

df %>%
  wilcox_test(df[[DV_Type1[1]]] ~ df[[Type1_Group[1]]])

错误：无法提取不存在的列。 'Type1_Group[1]' 列不存在

为什么这不起作用？

使用 Rstatix 在 tibble 中获取结果。

【问题讨论】：

欢迎来到 SO。如果您使您的问题可重现，包括可用于测试和验证可能解决方案的数据和代码，那么为您提供帮助会更容易。看看speakerdeck.com/jennybc/reprex-help-me-help-you?slide=5 & stackoverflow.com/questions/5963269/…？
我只是在猜测：尝试将 df[[DV_Type1[1]]] ~ df[[Type1_Group[1]]] 替换为 df[DV_Type1[1],] ~ df[Type1_Group[1],]。

标签： r loops

【解决方案1】：

您直接将变量传递到测试中，而不考虑环境。不太确定 rstatix 是如何工作的。

我可以在下面建议一个跟踪您的数据的解决方案，但是当然，没有什么比令人难以置信的嵌套 for 循环更好的了。

首先我们为每个测量值嵌套数据，我想你有很多测量值，并且两个自变量相同，所以应该没问题：

library(tidyr)
library(dplyr)
library(broom)
library(purrr)

df_bymeasure = df %>% 
pivot_longer(cols=contains("Average_Score")) %>% nest(data=c(ID,Gender,Qualification,value))

# A tibble: 2 x 2
  name                 data            
  <chr>                <list>          
1 Average_Score_Test_1 <tibble [4 × 4]>
2 Average_Score_Test_2 <tibble [4 × 4]>

现在我们可以进行我们想要的测试了：

res = df_bymeasure %>% 
mutate(
kw_Gender = map(data,~ tidy(kruskal.test(value ~ Gender,data=.x))),
wi_Gender = map(data,~ tidy(wilcox.test(value ~ Gender,data=.x))),
kw_Qualification = map(data,~ tidy(kruskal.test(value ~ Qualification,data=.x))),
wi_Qualification = map(data,~ tidy(wilcox.test(value ~ Qualification,data=.x)))
)

然后您可以查看一组结果，例如 kw 性别测试：

res %>% unnest(kw_Gender)
# A tibble: 2 x 9
  name  data  statistic p.value parameter method wi_Gender kw_Qualification
  <chr> <lis>     <dbl>   <dbl>     <int> <chr>  <list>    <list>          
1 Aver… <tib…       1.8   0.180         1 Krusk… <tibble … <tibble [1 × 4]>
2 Aver… <tib…       1.8   0.180         1 Krusk… <tibble … <tibble [1 × 4]>
# … with 1 more variable: wi_Qualification <list>

【讨论】：