如何合并两个数据框并根据巧合填充不同的选项

Question

我有两个数据框 y 和 z

y <- data.frame(ID = c("A", "A", "A", "B", "B"), gene = c("a", "b", "c", "a", "c"))
z <- data.frame(A = c(2,6,3), B = c(8,4,9), C=c(1,6,2))
rownames(z) <- c("a", "b", "c")

因此，对于 y，我有一个表格，其中包含每个患者的患者 ID 和基因，在 Z 中，我在第一行有相同的患者 ID，并且有一个具有特定值的基因列表（这在此处并不重要）。 y 中的基因在 z 中，但在 z 中有些基因不包含在 y 中。 我想做的是merge这个框架并有这样的东西：

       a   b   c
A      1   1   1 
B      1   0   1 

所以对于每个患者，如果z中的基因也在y,中，则填1，否则填0

我真的不知道如何处理这个，有什么想法吗？ 谢谢

Answer 1

我已根据您的问题提出了 RE（下次将此添加到您的问题中）：

y <- data.frame(ID = c("id_A", "id_A", "id_A", "id_B", "id_B"), gene = c("a", "b", "c", "a", "c"))
z <- data.frame(id_A = c(2,6,3), id_B = c(8,4,9), id_C=c(1,6,2))
rownames(z) <- c("a", "b", "c")

这里的想法是pivot_longer您的桌子，这样您就可以轻松加入。

为此，您首先需要将您的行名变成一个字段：

z <- tibble::rownames_to_column(z, "gene")

然后，您的 z 表旋转时间更长：

library(tidyr)
z_long <- pivot_longer(z, starts_with("id_"), names_to = "ID")

并加入您的y 表：

library(dplyr)
table_join <- left_join(y, z_long)

最后，你只需要计算频率：

table(table_join$ID, table_join$gene)
   
       a b c
  id_A 1 1 1
  id_B 1 0 1