pymc3：使用 NUTS答案

【问题标题】：pymc3: using NUTSpymc3：使用 NUTS
【发布时间】：2018-05-05 23:52:42
【问题描述】：

我想在不同的 mcmc 方法之间进行公平的比较，特别是，我想将我的方法的采样性能与 NUTS 进行比较。但是，我认为 pymc3 中的采样功能有很多设置/调整，这些设置/调整可以提高采样算法的性能，超越原始方法。

所以，我想知道是否有人可以告诉我如何禁用这些调整。简而言之，我只想有一个简单的 NUTS 算法（通过 NUTS，我的意思是算法 6：具有双重平均的高效 No-U-Turn Sampler）

谢谢

【问题讨论】：

标签： pymc3

【解决方案1】：

这可能很困难——PyMC3 和 Stan（其中一些维护者编写了 NUTS 论文）都采用了新的最佳实践和改进。您可以从 github 克隆它并查看早期实现。

This commit has 一个 NUTS 实现，非常接近论文中的符号。它已经被重构为使用更具描述性的变量名称以及上述改进。

【讨论】：