【问题标题】:Correcting shift in image data over time校正图像数据随时间的变化
【发布时间】:2019-11-12 07:46:22
【问题描述】:

我有一些数据(左图),第二张图是在某个时间拍摄的(右图)。我的图像发生了变化,图像的蒙版部分表示相对于图像中看到的“环”不移动的物理部分(为了图像清晰而被蒙版):

现在,肉眼看去,它们看起来几乎一模一样;但是,我对这两个图像之间的区别感兴趣。此处显示了两张图像的差异,深蓝色为负值,黄色为正值:

很明显,有轻微的向右偏移(环的左侧始终为负,环的右侧始终为正,均匀地围绕图像)。

我正在尝试一种方法来有效地计算这些图像之间的偏移;我从skimage 尝试过masked_register_translation,但它很慢,并且没有记录任何变化(这可能是由于存在没有变化的“热点”)。即使我要掩盖这些并应用某种中值模糊,这种转变也非常缓慢并且不是特别准确。

使用环中的峰很困难,因为看不到明显的峰。

我不知道有任何可靠的 2D 方法可以计算这种“几个像素”的偏移 - 如果有任何方法可以比 skimage 选项更快、更有效地执行此操作,我将非常感激听到!

【问题讨论】:

  • 整个图像的偏移是否一致?筛子总是在同一个方向吗?
  • 我会尝试估计Optical Flow,例如使用pyoptflow,然后计算平均位移向量。

标签: python image image-processing scikit-image


【解决方案1】:

您是否尝试过改用register_translation?也许设置space='fourier'?我建议这样做的原因是我认为我正在查看 SAED 图案,它在 TEM 的傅立叶平面中成像。我说它是衍射图案是否正确。

我还建议将图像附加为 tiff,并在问题中显示它们时,也绘制颜色条。我想仔细看看。如果它们是衍射图案,则衍射环中的细节可能会有所不同(样品漂移,样品在光束下发生变化),但我对为什么 SAED 图案的位置会发生变化感到困惑。我能想象的唯一原因是您的光束不稳定,可能是由于投影仪镜头?或者也许你手动移动了这个? 不管这不是 TEM 问题,我只是想知道原因。

您还知道 Hyperspy 软件包吗?用于 EM 相关分析的好工具。

【讨论】:

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