R In is.na(x) : is.na() 应用于“NULL”类型的非（列表或向量）

Question

我正在尝试在我的数据集上运行 AUC 包，但它给了我如下错误： 警告信息： 1：在 is.na(x) 中：is.na() 应用于“NULL”类型的非（列表或向量）

我在这里复制了我的数据和代码：

> pred[820:840,]
        prediction labels
id1300  0.03270514      1
id9049 -0.21458398      0
id3008  0.10395611      0
id956  -0.12109372      0
id6579 -0.05236555      0
id6428  0.05997380      0
id2286 -0.14315984      0
id6170 -0.09689733      0
id3553 -0.22782475      0
id8639  0.20416261      1
id4456  0.12514264      0
id467  -0.05162327      0
id5029 -0.07452525      0
id1421 -0.10254890      0
id4880 -0.12759426      0
id5140 -0.08773456      0
id580  -0.30139796      0
id3332  0.07563819      0
id7930  0.06709688      0
id1319 -0.13681023      0
id7498 -0.14081864      0
> auc(sensitivity(pred$prediction,pred$labels))
[1] NA
Warning messages:
1: In is.na(x) : is.na() applied to non-(list or vector) of type 'NULL'
2: In is.na(e2) : is.na() applied to non-(list or vector) of type 'NULL'
3: In is.na(e2) : is.na() applied to non-(list or vector) of type 'NULL'

这应该不是什么难题，可能是我的dataframe格式不对，但我不知道怎么解决。

Answer 1

如果您阅读sensitivity (help("sensitivity", package = "AUC") 的帮助，您会看到labels 参数采用“观察到的类标签（响应）的因子和唯一允许的值{0,1}”。

修改您的 sensitivity 调用以将 pred$labels 转换为因子会删除警告并导致返回一个数字。

library(AUC)
#> AUC 0.3.0
#> Type AUCNews() to see the change log and ?AUC to get an overview.

pred <- read.table(text = "
                   prediction labels
id1300  0.03270514      1
id9049 -0.21458398      0
id3008  0.10395611      0
id956  -0.12109372      0
id6579 -0.05236555      0
id6428  0.05997380      0
id2286 -0.14315984      0
id6170 -0.09689733      0
id3553 -0.22782475      0
id8639  0.20416261      1
id4456  0.12514264      0
id467  -0.05162327      0
id5029 -0.07452525      0
id1421 -0.10254890      0
id4880 -0.12759426      0
id5140 -0.08773456      0
id580  -0.30139796      0
id3332  0.07563819      0
id7930  0.06709688      0
id1319 -0.13681023      0
id7498 -0.14081864      0")


auc(sensitivity(pred$prediction, factor(pred$labels)))
#> [1] 0.8690476