ggplot中的箱线图与来自不同数据的geom_line

Question

我有一个名为“绑定”的 df，其中包含不同时间间隔（9_10,10_11,11_12 = 列名）的值（我找到了多少动物）。最后两行是区间内气温的平均值和标准差，来自另一个df。

9_10 10_11 11_12
2.1 5.1 不适用
4.23 2.1 9.2
北美 3.2 5.6
18.56 20.45 23.56
5.67 5.12 5.78

不过我的df要长很多..

现在，我想制作一个箱线图，其中的列名定义 x 轴，而箱线由找到的动物的值组成。平均值应打印为一条线（可能带有第二个 y 轴），其中 sd 作为误差线。不知何故，尽管这些线会位于箱线图之外，因为它们不是来自相同的数据：

https://peltiertech.com/images/2011-06/BoxPlotH5a.png （对不起，这里不允许发图片）

Alpha、Beta 等将是 9_10、10_11 等。

我已经尝试过这个（除其他外）：

t <- ggplot(stack(bound[1:3,]), aes(x=ind, y=values))
t <- t + geom_boxplot(outlier.shape=NA,fill="grey", color="black")
t <- t + coord_cartesian(ylim = c(0, 20))
t <- t + scale_x_discrete(name = NULL, labels=c("09:00 - 09:59","10:00 - 10:59","11:00 - 11:59"))
t <- t + scale_y_continuous(name = "animals found per hour")
t <- t + geom_line(stack(bound[4,]),aes(x=ind, y=values)) 
t <- t + scale_y_continuous(sec.axis = sec_axis(~.), name = "mean air temperature")

这段代码给了我一个很好的箱线图，就像我想要它用于找到动物数量的行一样。但是空气温度线没有出现，我不知道 ggplot 是否能够做到。在我看来，它在箱线图中的某处垂直绘制了一条线，但在箱线图之间没有水平线。

谁能帮帮我？

Answer 1

有两个问题：

1. 您尝试使用非数字 x 值创建 geom_line
2. 在添加新的ggplot时需要指定data=，并且数据集与原始ggplot中的数据集不一样

希望对你有帮助

编辑：将来，请尝试使用函数dput(bound) 将您的数据集捕获到代码中，以便发布到 SO :)

# data
library(ggplot2)
input <- c(2.1,     5.1  ,    NA,
           4.23,    2.1   ,   9.2,
           NA  ,    3.2   ,   5.6,
           18.56,   20.45 ,   23.56,
           5.67 ,   5.12  ,   5.78)
bound <- data.frame(matrix(input, ncol=3, byrow = TRUE))
names(bound) <- c("9_10", "10_11", "11_12")

t <- ggplot(stack(bound[1:3,]), aes(x=ind, y=values))
t <- t + geom_boxplot(outlier.shape=NA,fill="grey", color="black")
t <- t + coord_cartesian(ylim = c(0, 20))
t <- t + scale_x_discrete(name = NULL, labels=c("09:00 - 09:59","10:00 - 10:59","11:00 - 11:59"))
t <- t + scale_y_continuous(name = "animals found per hour")

# extract the bound[4,]
error_bars <- stack(bound[4,])
# replace with your formulation e.g. looks like negative binomial maybe?
error_bars$low <- error_bars$values-1.96*unlist(bound[5,])
error_bars$upp <- error_bars$values+1.96*unlist(bound[5,])

# two issues
# 1. the column ind will have values "9_10" which aren't numeric scale
#    boxplots have factor levels on x axis. The levels by default will be numeric
#    vector starting at 1,2,3 etc.
#    Try replacing ind with these factor levels
error_bars$ind <- 1:3


# 2. best practice to add data=line_df, as without it, ggplot throws a tantrum
# if you've specified a different data set in the original ggplot
t <- t + geom_line(data=error_bars, aes(x=ind, y=values)) +
  geom_errorbar(data=error_bars, aes(ymin=low, ymax=upp), colour="indianred2")
t <- t + scale_y_continuous(sec.axis = sec_axis(~), name = "mean air temperature")
t <- t + theme_minimal()
# can now see the line
t