R kmeans 外函数调用中的 NA (arg 13) 错误答案

【问题标题】：R kmeans NAs in foreign function call (arg 13) errorR kmeans 外函数调用中的 NA (arg 13) 错误
【发布时间】：2015-12-14 18:18:32
【问题描述】：

我在向量中有数字数据，我正在尝试对其运行 kmeans。下面给出一个错误

> kmeans( mydata, centers = 2 ) # trying centers 2 to 20 but failing at 2
Error in do_one(nmeth) : NAs in foreign function call (arg 13)
In addition: Warning message:
In do_one(nmeth) : NAs introduced by coercion

> str(mydata)
 num [1:44990687] 3.44e-06 3.44e-06 3.44e-06 3.44e-06 4.35e-05 ...
> is.numeric(mydata)
[1] TRUE

我的代码适用于小于这个数据集的数据集，所以我怀疑它可能与数据的大小有关。关于如何修复错误的任何想法？提前致谢。

更新：我尝试了以下方法：

> x <- length(mydata)
> kmeans( mydata[1:(x/2)], centers = 2 )
> kmeans( mydata[(x/2):x], centers = 2 )

对 kmeans 的两次调用均未出现错误。所以它看起来确实与数据的大小有关，而不是格式/类型。如果是这种情况，我应该怎么做才能处理它？再次感谢。

【问题讨论】：

如果 nrows(mydata) > 2^31，那么这是 R 3.0.2 中引入的错误。查看此处 (bugs.r-project.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=15364#c6) 了解详情。现在您可以使用其他 k-means 算法，例如 Lloyd 或 MacQueen，这些都可以。
kmeans on 46 million elements coerces NA values的可能重复

标签： r

【解决方案1】：

尝试使用以前版本的 R，例如 2.15.3。这对我有用。

在撰写本文时，我在使用最新版本 v3.1.2 时遇到了类似的问题，它重新创建了 NA 强制问题。

我在这里创建了一个类似的线程： kmeans on 46 million elements coerces NA values

【讨论】：

谢谢。我得找个时间试试，然后在这里跟进。

【解决方案2】：

当我修复另一个错误时，这是（由我）引入 R 3.0.1 的错误。 http://bugs.r-project.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=15364#c6 包含有关此问题的原始错误报告和 Gökcen Eraslan 的报告。

该错误已在 10 分钟前在 R 3.2.0 alpha 中修复（大约两周后将显示为 R 3.2.0）。但是请注意，您的 nrow(x) 已经在最大 32 位整数 (2^31 - 1) 的 kmeans() 算法的行数的严格上限，因为它目前使用的是标准 Fortran，它不允许更大的矩阵维度。

【讨论】：

【解决方案3】：

我有同样的错误，当我阅读错误日志时，它显示 NaN，这意味着不是数字。所以我仔细检查了我的数据集，是的，有一行包含一个字符串（单词）。我删除了那个字符串，它工作得很好。

【讨论】：