如何使用 C 从 hdf5 读取 H5T_STRING答案

【问题标题】：How to read H5T_STRING from hdf5 using C如何使用 C 从 hdf5 读取 H5T_STRING
【发布时间】：2019-03-28 18:56:35
【问题描述】：

所以我有一个包含数据集的 hdf5 文件：

DATASET "updateDateTime" {DATATYPE  H5T_STRING{
    STRSIZE 24;
STRPAD H5T_STR_NULLPAD;
CSET H5T_CSET_ASCII;
CTYPE H5T_C_S1;
}
    DATASPACE  SIMPLE{ (5) / (5) }
    DATA{
    (0) : "2015-05-12\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000",
    (1) : "2015-05-13\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000",
    (2) : "2015-05-14\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000",
    (3) : "2015-05-15\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000",
    (4) : "2015-05-16\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000\000"
}

我想用 C 来读取这个数据集，但是我找不到合适的例子（我是 HDF5 的新手）。具体来说，我无法确定在阅读时使用哪个 H5T_NATIVE_*。这是我现在拥有的代码：

hid_t  time_ds = H5Dopen(grp, "updateDateTime", H5P_DEFAULT);
auto time_shape = get_dataset_shape(time_ds);
char** time_str = (char **)malloc(time_shape[0] * sizeof(char *)); // TODO: memeory allocation correct??

 status = H5Dread(time_ds, H5T_NATIVE_CHAR, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT,
    time_str);
 /*do my stuff*/

free(time_str);
status = H5Dclose(time_ds);

【问题讨论】：

当你执行这段代码时会发生什么？
嗯，time_str 在 H5Dread() @arboreal84 之后没有填充数据

标签： hdf5

【解决方案1】：

试试

char* time_str = (char*) malloc(time_shape[0] * sizeof(char));

status = H5Dread(time_ds, H5T_NATIVE_CHAR, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, &time_str);

【讨论】：

谢谢，但这似乎不起作用。 time_str 还是空的

【解决方案2】：

在深入研究了h5dump的源代码（该工具附带hdf5包）后，我终于让它工作了。我不能说这是一个好的解决方案，但希望这可以帮助遇到类似问题的其他人。

原来这个函数可以推测出原生类型

hid_t h5tools_get_native_type(hid_t type)
{
hid_t p_type;
H5T_class_t type_class;

type_class = H5Tget_class(type);
if (type_class == H5T_BITFIELD)
    p_type = H5Tcopy(type);
else
    p_type = H5Tget_native_type(type, H5T_DIR_DEFAULT);

return(p_type);
}

然后，像这样读取数据集：

type = H5Dget_type(dset);
native_type = h5tools_get_native_type(type);
auto shape = get_dataset_shape(dset);
n_element = std::accumulate(shape.begin(), shape.end(), 1ull, std::multiplies<size_t>());
type_size = std::max(H5Tget_size(type), H5Tget_size(native_type));
size_t alloc_size = n_element * type_size;
char * buf = BAT_NEW char[alloc_size]; 

status = H5Dread(dset, native_type, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, buf);

/*do my stuff*/

H5Tclose(native_type);
H5Tclose(type);
delete[] buf;

【讨论】：

【解决方案3】：

或者，您可以像这样在 C 中使用 HDFql 读取数据集（数据类型为 H5T_STRING）：

hdfql_execute("SELECT FROM updateDateTime");
hdfql_cursor_first(NULL);
printf("Dataset value is %s\n", hdfql_cursor_get_char(NULL));

如果数据集存储了多个字符串（通过查看上面发布的 h5dump 的结果似乎是您的情况），您可以通过循环结果集来检索这些：

hdfql_execute("SELECT FROM updateDateTime");
while(hdfql_cursor_next(NULL) == HDFQL_SUCCESS)
{
   printf("Dataset value is %s\n", hdfql_cursor_get_char(NULL));
}

【讨论】：