使用 python 的 h5py 包读取 hdf 文件时出错答案

【问题标题】：Error in reading hdf file using h5py package for python使用 python 的 h5py 包读取 hdf 文件时出错
【发布时间】：2014-11-10 23:27:01
【问题描述】：

我想从我从 MODIS 网站下载的 hdf 文件中提取数据。链接中提供了示例文件。我正在使用以下代码行读取 hdf 文件：

>>> import h5py
>>> f = h5py.File( 'MYD08_M3.A2002182.051.2008334061251.psgscs_000500751197.hdf', 'r' )

我得到的错误：

Traceback (most recent call last):
    File "<pyshell#3>", line 1, in <module>
f = h5py.File( 'MYD08_M3.A2002182.051.2008334061251.psgscs_000500751197.hdf', 'r' )
    File "C:\Python27\lib\site-packages\h5py\_hl\files.py", line 165, in __init__
fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl)
    File "C:\Python27\lib\site-packages\h5py\_hl\files.py", line 57, in make_fid
fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDONLY, fapl=fapl)
    File "h5f.pyx", line 70, in h5py.h5f.open (h5py\h5f.c:1640)
IOError: unable to open file (File accessability: Unable to open file)

我尝试了其他几个来自不同来源的 hdf 文件，但我得到了同样的错误。这里似乎有什么问题？

【问题讨论】：

标签： python h5py

【解决方案1】：

我认为可能有两个问题：

1) 由于文件扩展名为“hdf”，可能这是一个 HDF4 文件。 HDF5 文件通常具有“.hdf5”或“.h5·”扩展名。我不确定 h5py 是否能够读取 HDF4 文件。

2) 也许您必须更改文件本身的权限。如果您使用的是 linux 机器，请尝试：chmod +r file.hdf

您可以尝试使用HDFView 打开您的文件。该软件可在多个平台上使用。您可以使用它非常轻松地检查文件的属性。

【讨论】：

感谢您的回复。我使用 HDFView 来可视化来自 hdf 文件的数据，它可以工作并且文件是 hdf4 格式。所以正如你所说，问题一定是 h5py 不能支持 hdf4 格式。我遇到了支持 hdf4 格式的 pyhdf。我想它会解决我的问题。顺便说一句，我没有chmod，我用的是windows。
太好了！希望您可以通过pyhdf 完成您的工作。
另一种方法是使用 h4toh5 将文件转换为 HDF5。这允许依赖最新的工具。 project home 上提供的工具。

【解决方案2】：

这听起来像是文件权限错误，甚至文件存在。也许添加一些检查，例如

import os

hdf_file = 'MYD08_M3.A2002182.051.2008334061251.psgscs_000500751197.hdf'

if not os.path.isfile(hdf_file):
    print 'file %s not found' % hdf_file

if not os.access(hdf_file, os.R_OK):
    print 'file %s not readable' % hdf_file

f = h5py.File(hdf_file, 'r')

【讨论】：

感谢您的回复。该文件存在，实际上所有 139 个文件都存在，但为了确保我执行了您建议的检查，循环遍历文件夹中的每个文件以发现文件存在并且可以访问。

【解决方案3】：

我遇到了同样的问题，后来发现我的文件只有“只读”，这出于某种原因停止了 h5py 来读取它。将权限修改为“写”后，我就可以阅读了。不知道为什么会这样设置。

【讨论】：