打开 h5 文件以与 MNE python 一起使用答案

【问题标题】：Open h5 file to use with MNE python打开 h5 文件以与 MNE python 一起使用
【发布时间】：2021-03-31 00:55:43
【问题描述】：

我目前正在与虚拟大脑 (www.thevirtualbrain.org) 合作并模拟一些 EEG 数据。为了进一步分析，我想在 python 中打开这个模拟时间序列，以便我可以使用 MNE 包对其进行分析。但是，我只能以 h5 格式存储来自 The Virtual Brain 的 EEG 数据，而且我无法弄清楚如何在 python 中打开这个文件，以便我可以使用它来使用 MNE 对其进行分析。

我可以在 Python 中读取 h5 文件并查看其描述：

文件键数据结构时间结构

但我不知道如何实际使用这些数据再次将其分析为 EEG。

有人知道怎么做吗？

谢谢！

赛琳

【问题讨论】：

标签： hdf5 h5py

【解决方案1】：

“键”是 HDF5 节点（组或数据集）的名称。要精通，您需要了解 HDF5 文件架构。花一些时间在 The HDF Group 上查看 HDF5 文档。我推荐这个文档：Introduction to HDF5。

根据上面的输出，您有 2 个数据集：

HDF5 数据集“data”：形状 (512, 2, 63, 1)，类型“
HDF5 数据集“时间”：形状 (512,)，类型“

h5py 将数据集检索为 NumPy 数组。 shape是数组的shape属性，type是dtype属性。（熟悉 NumPy 也很有帮助。）在这种情况下，所有值都是浮点数。两个数据集都有 512 行，但维度不同。我怀疑time 数据集包含您的时间值。您必须探索 data 数据集以了解该数据的组织方式。

这是根据您问题中的详细信息检索数据的伪代码。 data_arr 和 time_arr 是关联数据集的 NumPy 数组。

with h5py.File('yourfile.h5','r') as h5f:
    data_arr = h5f['data'][:]
    time_arr = h5f['time'][:]

一旦您将数据作为 NumPy 数组，您就可以使用 Python 和 NumPy 操作来处理它。这应该让你开始。试一试，看看你能用data_arr 和time_arr 做什么。注意：这是 HDF5 和 h5py 的快速概述。这个主题还有很多。

注意我使用了 Python 的上下文管理器 with/as: 而不是简单的 h5py.File() 调用。首选，并为您管理文件关闭操作（无需h5f.close()）

【讨论】：