如何将 bash 脚本的输出文件重定向到所需的文件夹答案

【问题标题】：how to redirect the output file of a bash script to a desired folder如何将 bash 脚本的输出文件重定向到所需的文件夹
【发布时间】：2021-03-16 20:18:46
【问题描述】：

你好，我在这里运行这个 bash 脚本，命令“bwa index ..”会生成几个文件，这个命令没有用于指定输出路径的“-o”标志。我想将这些文件重定向到一个新文件夹中。我在网上搜索过，我遇到的所有答案都是将生成的文件重定向到特定的文件名，但是通常如何将输出文件重定向到新文件夹中？非常感谢！

#!/bin/bash

### qsub file.name to run from anywhere
### first step of BMW, making indexed fasta file

#PBS -N bwa_index
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l mem=64gb
#PBS -o /gpfs/data/mcnerney-lab/liuweihan/chip_seq/becker_lab/bwa_index.out
#PBS -e /gpfs/data/mcnerney-lab/liuweihan/chip_seq/becker_lab/bwa_index.err

date

module load gcc/6.2.0
module load bwa/0.7.17

bwa index -p mm10_bwa_idx -a bwtsw /gpfs/data/mcnerney-lab/liuweihan/chip_seq/becker_lab/mm10.fa

date
echo END

【问题讨论】：

标签： linux bash terminal

【解决方案1】：

您可以切换到目标目录，然后运行 bwa 命令。使用pushd and popd 将确保脚本的其余部分在正确的目录中运行。

pushd some_directory
bwa index -p mm10_bwa_idx -a bwtsw /gpfs/data/mcnerney-lab/liuweihan/chip_seq/becker_lab/mm10.fa
popd

【讨论】：

【解决方案2】：

第一
您可以定义一个变量并在您的脚本中使用它。

第二
您可以通过$1、$2、$3 等向脚本传递参数并捕获它们。

第三如果您想通过使用选项（例如 --output | -o ）实现完全动态，您可以使用如下简单的解析：

#!/bin/bash

################################################################################
# main flags, both longs and shorts
################################################################################
ARGS=`getopt -o "o::" -l "output:" -- "$@"`
eval set -- "$ARGS"


declare -A _output;
_output['flag']=0;
_output['path']=0;

################################################################################
# extract options and their arguments into variables.
################################################################################
while true ; do
    case "$1" in
        -o | --output )
            _output['flag']=1;
            _output['path']=$2;
            shift 2;
        ;;
         --)
            shift;
            break;
         ;;

         * )
            echo "Internal error!" ; exit 1
         ;;
    esac
done

echo "output: ${_output['path']}";

而且用法超级简单，可以使用--output <YOUR-PATH>或者-o <YOUR-PATH>

# test
./cli.sh --output /path/to/dir
output: /path/to/dir
./cli.sh -o /path/to/dir
output: /path/to/dir

【讨论】：