为什么 H 会因为 H 不存在的结构而出现微笑答案

【问题标题】：Why H comes in Smiles for the structure on which H is not present为什么 H 会因为 H 不存在的结构而出现微笑
【发布时间】：2021-06-18 17:59:11
【问题描述】：

当我阅读“.mol”文件并使用 Rdkit 转换为微笑时，微笑带有 H，但是原始 .xyz 文件中不存在“H”。这是我的做法：

m3 = Chem.MolFromMolFile('Al_neutral.mol', strictParsing=False)
ms = Chem.MolToSmiles(m3)
mol = Chem.MolFromSmiles(ms)

当我打印'ms'时

'[Al]12[AlH2]34[Al]5[AlH2]16[Al]1[AlH2]57[Al]5[AlH2]89[Al]3[AlH2]23[Al]8[AlH2]15[Al]46379'

为什么会有“H”，我们如何解释这些数字？请给我提意见。提前致谢。

【问题讨论】：

标签： rdkit

【解决方案1】：

您在 SMILES 中看到的氢是隐式建模的。看看这个blog post，了解有关隐式和显式氢的信息。您会注意到，如果您转换回“.mol”表示形式，氢将不存在：

smiles = '[Al]12[AlH2]34[Al]5[AlH2]16[Al]1[AlH2]57[Al]5[AlH2]89[Al]3[AlH2]23[Al]8[AlH2]15[Al]46379'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
print(Chem.MolToMolBlock(mol))


 RDKit          2D

 13 24  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    1.0607    0.0000    0.0000 Al  0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0
   -0.0000   -1.0607    0.0000 Al  0  0  0  0  0  6  0  0  0  0  0  0
   -1.0607    0.0000    0.0000 Al  0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0
    0.0000    1.0607    0.0000 Al  0  0  0  0  0  6  0  0  0  0  0  0
   -1.4230    1.5350    0.0000 Al  0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0
   -2.1213   -1.0607    0.0000 Al  0  0  0  0  0  6  0  0  0  0  0  0
   -2.9642    0.1801    0.0000 Al  0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0
    2.1213   -3.1820    0.0000 Al  0  0  0  0  0  6  0  0  0  0  0  0
    1.0607   -2.1213    0.0000 Al  0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0
    2.1213   -1.0607    0.0000 Al  0  0  0  0  0  6  0  0  0  0  0  0
    3.1820   -2.1213    0.0000 Al  0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0
   -1.8974    0.1120    0.0000 Al  0  0  0  0  0  6  0  0  0  0  0  0
   -1.0607   -2.1213    0.0000 Al  0  0  0  0  0  6  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0
  2  3  1  0
  3  4  1  0
  4  5  1  0
  5  6  1  0
  6  7  1  0
  7  8  1  0
  8  9  1  0
  9 10  1  0
 10 11  1  0
 11 12  1  0
 12 13  1  0
  4  1  1  0
 12  5  1  0
 10  1  1  0
  9  2  1  0
 13 10  1  0
 13  2  1  0
  6  3  1  0
 12  7  1  0
 13  4  1  0
 13  6  1  0
 11  8  1  0
 13  8  1  0
M  END

【讨论】：

非常感谢。我想使用 rdkit 工具从 3D 分子的“.mol”数据中读取原子特征，为此，我将其转换为上面的 Smiles 并使用 Rdkit 生成特征。我有点困惑这个过程是否可靠，因为我在某处读到了它在 2D 几何中的应用。如果您有任何想法，请告诉我。再次感谢。
我仍然不明白微笑表示中数字 12、34、.. 的含义。你能帮我理解一下吗？
微笑中的数字表示环闭合，Wikipedia 文章有一个不错的解释。你在这里选择的微笑是一个特别复杂的例子，所以可能不是最容易理解的。
至于功能，我有点困惑。你想计算什么样的特征？
非常感谢您的回复。是的，这里的数据非常复杂。我们可以用 Smiles 表示 3D 无机晶体吗？当我阅读时，我没有找到任何关于这一点的解释。我所说的特征是指元素的全部属性，例如原子序数、化合价、重量等。