错误：处理小插图...：“什么”必须是字符串或函数

Question

我正在尝试整理包裹的松散末端，而且我几乎只关注小插曲。我在包装中有四个小插曲。对于引用，我们将它们称为 Vignettes A - D。当我运行 R CMD check 时，我得到了错误

Error: processing vignette 'Vignette A.Rmd' failed with diagnostics:
'what' must be a character string or a function

但是，每当我使用 R Studio 中的 knit 按钮处理 Vignette A 时，文档编译得很好。

所以我开始玩弄，最终，我发现 R CMD check 在包装中同时包含 Vignettes A 和 C 的任何时候都会失败。但任何时候我删除这两个小插图中的任何一个，R CMD check 都会通过，没有错误。

我不知道从哪里开始。关于这两个文件共存于一个包中可能存在什么问题的任何想法？

我正在使用 R 3.2.0。 有问题的软件包位于开发分支中 Github

.Rcheck 日志文件的输出

* checking files in 'vignettes' ... OK
* checking examples ... OK
* checking for unstated dependencies in vignettes ... OK
* checking package vignettes in 'inst/doc' ... WARNING
Package vignettes without corresponding PDF/HTML:
   'DecisionNetworks.Rmd'
   'GettingStartedWithHydeNet.Rmd'
   'HydeNetPlots.Rmd'
   'WorkingWithHydeNetObjects.Rmd'

* checking running R code from vignettes ... OK
* checking re-building of vignette outputs ... NOTE
Error in re-building vignettes:
  ...
Loading required package: nnet
Loading required package: rjags
Loading required package: coda
Linked to JAGS 3.4.0
Loaded modules: basemod,bugs
Quitting from lines 173-176 (WorkingWithHydeNetObjects.Rmd) 
Error: processing vignette 'WorkingWithHydeNetObjects.Rmd' failed with diagnostics:
'what' must be a character string or a function
Execution halted

Answer 1

Yuhui 的提示让我找到了解决方案。起初，我运行knitr::knit('vignettes/WorkingWithHydeNetObjects.Rmd')，一切正常。然后我尝试在另一个存在共存问题的小插图上运行knit，并没有发现任何错误。然后我再次在WorkingWithHydeNetObjects.Rmd 上运行knit，这一次产生了错误。

traceback 将错误识别为来自do.call。当它应该传递一个字符串时，我将一个缺少的参数传递给do.call。通过更改另一个小插图中的和选项来更改函数的行为。

因此，故事的寓意并不是假设每个小插曲都将在其自己的环境中构建。您在一个小插图中设置的任何选项都将转移到后续小插图中。