如何设置 R_LIBS_SITE 或如何共享包站点？答案

【问题标题】：How to set R_LIBS_SITE or how to share package site?如何设置 R_LIBS_SITE 或如何共享包站点？
【发布时间】：2016-09-29 17:13:40
【问题描述】：

这是this question 的一个通用版本。如何设置R_LIBS_SITE？我无法在 CentOS 7.2 和 openSUSE 42.1 以及最新的 R 3.3.1 上获得正确的值。

在带有来自 EPEL 的 R 的 CentOS 7.2 (Linux x86_64) 上，我得到：

R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
...
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
...
> .libPaths()
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"
> .Library
[1] "/usr/lib64/R/library"
> .Library.site
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"
> R.home(component = "home")
[1] "/usr/lib64/R"

但是，相应的 Renviron 包括以下内容：

$ grep R_LIBS_SITE /usr/lib64/R/etc/Renviron
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/local/lib/R/library:/usr/lib64/R/library:/usr/share/R/library'}

显然，当我启动 R 时，此设置未正确应用。但是，例如，应用同一文件中 R_LIBS_USER 中的更改。此外，R_LIBS_SITE 不会被完全忽略，因为将其设置为

R_LIBS_SITE='/usr/local/lib/R/site-library'

生产

> .Library.site
character(0)

我看不出R_LIBS_SITE 可以在其他地方被覆盖。我明白了当我启动它时，R 中的相同行为

R --no-environ --no-site-file --no-init-file

我可以用 openSUSE 重现类似的行为。

或者是否有其他推荐的方法来设置在所有用户之间共享的包站点？

【问题讨论】：

标签： r packages

【解决方案1】：

问题的可能解释是某些目录不存在。不存在的目录将从列表中静默删除。所以，如果你设置

R_LIBS_SITE='/usr/local/lib/R/site-library'

并且该目录不存在，.Library.site 将是一个空字符串（如您的示例中）。根据您的示例的输出，如果目录 /usr/local/lib/R/site-library 和 /usr/local/lib/R/library 不存在，它们将从您的 Renviron 文件的 R_LIBS_SITE 中给出的列表中静默删除（再次与您的输出一样）。

【讨论】：