Emboss Cons 用于获得许多文件的一致序列，而不仅仅是一个文件答案

【问题标题】：Emboss Cons for getting consensus sequence for many files, not just oneEmboss Cons 用于获得许多文件的一致序列，而不仅仅是一个文件
【发布时间】：2016-06-11 11:11:41
【问题描述】：

我安装并配置了 emboss，并且可以运行简单的命令行参数来获得一个先前对齐的 multifasta 文件的一致性：

% 缺点

从多重比对中创建一致序列

输入（对齐）序列集：dna.msf

输出序列[dna.fasta]：aligned.cons

这非常适合一次处理一个文件，但我要处理数百个文件。我已经开始编写一个带有 foreach 循环的 perl 脚本来尝试为每个文件处理它，但我想我需要在脚本之外运行这些命令。关于如何运行命令行友好程序以从先前对齐的 multifasta 文件中连续获取多个文件的 fasta 格式的单个一致序列的任何线索？我不必使用浮雕——我可以使用另一个程序。到目前为止，这是我的代码：

   #!/usr/bin/perl 
   use warnings; 
   use strict; 

   my $dir = ("/Users/roblogan/Documents/Clustered_Barcodes_Aligned");

    my @ArrayofFiles = glob "$dir/*"; #put all files in the directory into an array

    #print join("\n", @ArrayofFiles), "\n";  #diagnostic print

    foreach my $file (@ArrayofFiles){
            print 'cons', "\n";
            print "/Users/roblogan/Documents/Clustered_Barcodes_Aligned/Clustered_Barcode_Number_*.*.Sequences.txt.out", "\n";
            print "*.*.Consensus.txt", "\n"; 
    }

【问题讨论】：

您的print 语句——这是命令的外观吗？换句话说，你手动运行的命令到底是什么？
请问您要使用哪种 EMBOSS 工具？
嗨 Arijit-我正在使用 EMBOSS CONS，如问题标题所示。嗨zdim，我手动成功运行的确切命令是：1）缺点2）命名对齐的文件输入3）命名共识文件输出，如问题中给出的示例（粗体）。名称可以更改，提示“缺点”不能。我想放入工作流程的文件因数字而异，在我的打印声明中用 * 表示。
哦，我明白了——这是一个交互式工具。您启动它，然后在它的提示下输入内容。对不起，我错过了，谢谢。这有点不同。该工具是否具有某种“批处理”模式？

标签： perl bioinformatics fasta consensus emboss

【解决方案1】：

EMBOSS cons 有两个强制限定符：

-序列（提供输入序列）
- outseq（用于输出）。

因此您需要将上述内容提供给字段。

现在稍微改变你的代码来运行多个程序：

my $count=1;
foreach my $file (@ArrayofFiles){
            $output_path= "/Users/roblogan/Documents/Clustered_Barcodes_Aligned/";
            my $output_file = $output_path. "out$count";# please change here to get your desired output filename 
            my $command = "cons -sequence '$file' -outseq '$output_file' "; 
            system($command);
            $count ++;
}

希望上面的代码对你有用。

【讨论】：