从 python 调用 EMBOSS 程序时遇到问题答案

【问题标题】：Trouble calling EMBOSS program from python从 python 调用 EMBOSS 程序时遇到问题
【发布时间】：2012-07-12 02:59:19
【问题描述】：

我无法通过 Python 调用名为 Sixpack 的 EMBOSS 程序（通过命令行运行）。

我通过 Windows 7 运行 Python，Python 版本 3.23，Biopython 版本 1.59，EMBOSS 版本 6.4.0.4。 Sixpack 用于翻译所有六个阅读框中的 DNA 序列，并创建两个文件作为输出；一个识别 ORF 的序列文件，以及一个包含蛋白质序列的文件。

我可以从命令行成功调用三个必需的参数：（-sequence [input file]、-outseq [output sequence file]、-outfile [protein sequence file]）。我一直在使用 subprocess 模块来代替 os.system，因为我读到它更强大、更通用。

以下是我的 python 代码，它运行没有错误，但不会产生所需的输出文件。

from Bio import SeqIO
import re
import os
import subprocess

infile = input('Full path to EXISTING .fasta file would you like to open: ')
outdir = input('NEW Directory to write outfiles to: ')
os.mkdir(outdir)
for record in SeqIO.parse(infile, "fasta"):

    print("Translating (6-Frame): " + record.id)

    ident=re.sub("\|", "-", record.id)

    print (infile)
    print ("Old record ID: " + record.id)
    print ("New record ID: " + ident)

    subprocess.call (['C:\memboss\sixpack.exe', '-sequence ' + infile, '-outseq ' + outdir + ident + '.sixpack', '-outfile ' + outdir + ident + '.format'])

    print ("Translation of: " + infile + "\nWritten to: " + outdir + ident)

【问题讨论】：

会报错吗？该命令与您在命令行中键入的命令完全相同吗？
嗯，不完全一样...我正在使用（字符串、变量？）例如“infile”、“outdir”和“ident”来表示实际路径和文件名将被输入命令行。子进程模块可以处理这些字符串/变量吗？
使用变量很好，但我的意思是：如果我将命令从您的代码（基本上是一个字符串）复制并粘贴到实际的命令行，它会工作吗？您可能需要指定完整路径而不是相对路径才能进行文件访问。
命令行：sixpack -sequence c:\python32\multi.fasta -outseq c:\memboss\OUTSEQ.sixpack -outfile c:\memboss\OUTFILE.sixpack
相对路径和完整路径有什么区别？只要用户在提示时键入完整路径，该完整路径就会被分配给变量“infile”、“outdir”等...

标签： python subprocess biopython emboss

【解决方案1】：

找到答案.. 我使用错误的语法来调用子进程。这是正确的语法：

subprocess.call (['C:\memboss\sixpack.exe', '-sequence', infile, '-outseq', outdir + ident + '.sixpack', '-outfile', outdir + ident + '.format'])

【讨论】：