【问题标题】:difficulties using setuptools to compile extension module使用 setuptools 编译扩展模块的困难
【发布时间】:2020-01-26 17:32:30
【问题描述】:

我正在开发一个旨在通过 pip 安装的包(模块?)。该包包含一个 C++ 扩展,使用 pybind11 包装,它链接到其他一些库。

我能够手动毫无问题地编译和链接扩展库,但是我无法正确配置我的setup.py 文件,以便在调用pip3 install my_package 时安装扩展模块。 p>

我一直在关注this code(由 pybind11 文档链接)来配置我的setup.py 文件,该文件包含在下面。

问题描述

为了完整起见,我的包目录如下所示:

my_package
    |-setup.py
    |-my_package
        |-__init__.py
        |-some_code.py
        |-src
            | my_extension.cpp
            | some_header.h

我调用 pip3 install 如下:

pip3 install --user --upgrade --disable-pip-version-check . -vvv

(版本检查被禁用,因为机器无法访问互联网)

我可以从控制台的输出中看到 gcc 似乎被调用了,但是我对输出的了解不够多,无法理解它是否被正确调用。 my_extension 似乎构建没有任何错误:

building 'my_extension' extension
    creating build/temp.linux-x86_64-3.7
    creating build/temp.linux-x86_64-3.7/my_package
    creating build/temp.linux-x86_64-3.7/my_package/src
    gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DDYNAMIC_ANNOTATIONS_ENABLED=1 -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wp,-D_GLIBCXX_ASSERTIONS -fexceptions -fstack-protector-strong -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -fcf-protection -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -I/usr/local/include/python3.7m -I/home/<my_user>/.local/include/python3.7m -I/usr/include/eigen3 -I/usr/include/python3.7m -c my_package/src/my_extension.cpp -o build/temp.linux-x86_64-3.7/my_package/src/my_extension.o -O3 -fPIC -march=native -DVERSION_INFO="0.0.1" -std=c++14 -fvisibility=hidden

但是,无论出于何种原因,python 解释器都找不到my_extension。找到src 子模块:

>>> from my_package import src
>>> src.__path__
['/home/<my_user>/.local/lib/python3.7/site-packages/my_package/src']

我可以看到它是空的:

>>> ls /home/<my_user>/.local/lib/python3.7/site-packages/my_package/src
__init__.py  __pycache__

也就是说,这里似乎没有my_extension.so 文件。

问题

  • 下面的setup.py 是否存在任何明显问题?我很欣赏这是一个有点复杂的例子。

  • 如果没有,我该如何进一步解决此问题?我完全不知道如何进行。

我的 setup.py

from setuptools import setup, Extension
from setuptools.command.build_ext import build_ext
import sys
import setuptools

__version__ = '0.0.1'

class get_pybind_include(object):

    def __init__(self, user=False):
        self.user = user

    def __str__(self):
        import pybind11
        return pybind11.get_include(self.user)

ext_modules = [
    Extension(
        'my_extension',
        ['my_package/src/my_extension.cpp'],
        include_dirs=[
            get_pybind_include(),
            get_pybind_include(user=True),
            '/usr/include/eigen3'
        ],
        language='c++'
    ),
]

def has_flag(compiler, flagname):
    import tempfile
    with tempfile.NamedTemporaryFile('w', suffix='.cpp') as f:
        f.write('int main (int argc, char **argv) { return 0; }')
        try:
            compiler.compile([f.name], extra_postargs=[flagname])
        except setuptools.distutils.errors.CompileError:
            return False
    return True


def cpp_flag(compiler):
    if has_flag(compiler, '-std=c++14'):
        return '-std=c++14'
    elif has_flag(compiler, '-std=c++11'):
        return '-std=c++11'
    else:
        raise RuntimeError('Unsupported compiler -- at least C++11 support is needed!')


class BuildExt(build_ext):
    """A custom build extension for adding compiler-specific options."""
    c_opts = {
        'msvc': ['/EHsc'],
        'unix': [],
    }

    if sys.platform == 'darwin':
        c_opts['unix'] += ['-stdlib=libc++', '-mmacosx-version-min=10.7']

    def build_extensions(self):
        ct = self.compiler.compiler_type
        opts = self.c_opts.get(ct, [])

        # extra compiler options
        opts += [
            '-O3',
            '-fPIC',
            '-march=native'
        ]

        if ct == 'unix':
            opts.append('-DVERSION_INFO="%s"' % self.distribution.get_version())
            opts.append(cpp_flag(self.compiler))
            if has_flag(self.compiler, '-fvisibility=hidden'):
                opts.append('-fvisibility=hidden')
        elif ct == 'msvc':
            opts.append('/DVERSION_INFO=\\"%s\\"' % self.distribution.get_version())
        for ext in self.extensions:
            ext.extra_compile_args = opts
        build_ext.build_extensions(self)

setup(
    name='my_package',
    version=__version__,
    author='',
    author_email='',
    url='',
    description='',
    long_description='',
    packages = setuptools.find_packages(),
    ext_modules=ext_modules,
    install_requires=['pybind11>=2.2'],
    cmdclass={'build_ext': BuildExt},
    zip_safe=False,
)

【问题讨论】:

  • ls /home/&lt;my_user&gt;/.local/lib/python3.7/site-packages/my_package/? ls /home/&lt;my_user&gt;/.local/lib/python3.7/site-packages/?
  • 前者(ls /home/&lt;my_user&gt;/.local/lib/python3.7/site-packages/my_package/)产生__init__.py __pycache__ some_code.py src,后者包含我安装的所有python包--user(其中大部分) - 有什么特别我应该在寻找吗?
  • 我正在寻找my_extension*.so。试试find /home/&lt;my_user&gt;/.local/lib/python3.7/site-packages -name 'my_extension*.so'
  • 对!我可以看到在/home/&lt;my_user&gt;/.local/lib/python3.7/site-packages 中有一个my_extension*.so(我可以导入):我想我只需要告诉setup.py 以某种方式将它放在/home/&lt;my_user&gt;/.local/lib/python3.7/site-packages/my_package/src 中?

标签: python setuptools pybind11


【解决方案1】:

Extension('my_extension', …) 创建一个可以导入的顶级扩展

import my_extension

要使其成为包的子模块,请在包名前添加:

Extension('my_package.my_extension', …)

【讨论】:

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