在 R6 类中使用 Rcpp 函数

Question

我正在尝试使用执行某些线性回归的 R 4.1.0 构建一个 R 包 (RegressionTool)。为了加快矩阵乘法，我想在 .cpp 脚本中外包矩阵乘法运算，我想将其包含在我的最终 R 包中。 我想用于矩阵乘法的脚本 Cmatmult.cpp 如下所示：

#include <RcppArmadillo.h>
#include <RcppEigen.h>

// Correctly setup the build environment 
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
using namespace Rcpp;
using namespace arma;
using namespace Eigen;

// [[Rcpp::export]]
SEXP armaMatMult(arma::mat A, arma::mat B){
    arma::mat C = A * B;

    return Rcpp::wrap(C);
}

// [[Rcpp::export]]
SEXP eigenMatMult(Eigen::MatrixXd A, Eigen::MatrixXd B){
    Eigen::MatrixXd C = A * B;

    return Rcpp::wrap(C);
}

// [[Rcpp::export]]
SEXP eigenMapMatMult(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> A, Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> B){
    Eigen::MatrixXd C = A * B;

    return Rcpp::wrap(C);
}

在 RegressionTool 文件夹中，除了包含 R6 类的文件夹 R 之外，还有文件 DESCRIPTION 和 NAMESPACE ，我保存了包含文件 Cmatmult.cpp 的文件夹 src。为了尝试编译包，我在 R 控制台中运行以下命令：

RcppArmadillo::RcppArmadillo.package.skeleton("RegressionTool")
Rcpp::compileAttributes()
roxygen2::roxygenize(roclets="rd")

我注意到生成子文件夹RegressionTool 的RcppArmadillo.package.skeleton() 命令不会生成任何Makevars/Makevars.win 文件。虽然前两个命令运行没有错误，但最后一个命令停止并出现以下错误：

C:/Program Files/R/R-4.1.0/library/RcppArmadillo/include/armadillo_bits/translate_blas.hpp:88: undefined reference to `dsyrk_'
collect2.exe: error: ld returned 1 exit status
no DLL was created
ERROR: compilation failed for package 'RegressionTool'

我已经将 Rcpp 和 RcppArmadillo 的 LinkingTo: 和 Depends: 包含在存储在文件夹 RegressionTool 中的说明文件中，但我仍然不明白为什么要使用 Makevars/Makevars。 win 文件没有生成（这是否是roxygenize 出错的原因）。

Answer 1

您声称 RcppArmadillo 的包骨架生成器不会创建 src/Makevars{,.win}。我无法重现：

edd@rob:~$ cd /tmp/
edd@rob:/tmp$ rm -rf RegressionTool  # just in case
edd@rob:/tmp$ Rscript -e 'RcppArmadillo::RcppArmadillo.package.skeleton("RegressionTool")'

Calling kitten to create basic package.
Creating directories ...
Creating DESCRIPTION ...
Creating NAMESPACE ...
Creating Read-and-delete-me ...
Saving functions and data ...
Making help files ...
Done.
Further steps are described in './RegressionTool/Read-and-delete-me'.

Adding pkgKitten overrides.
 >> added .gitignore file
 >> added .Rbuildignore file
 >> added tinytest support
First time using roxygen2. Upgrading automatically...
Updating roxygen version in /tmp/RegressionTool/DESCRIPTION
ℹ Loading RegressionTool
Warning: The existing 'NAMESPACE' file was not generated by roxygen2, and will not be overwritten.
Writing hello2.Rd
Deleted 'Read-and-delete-me'.
Done.

Consider reading the documentation for all the packaging details.
A good start is the 'Writing R Extensions' manual.

And run 'R CMD check'. Run it frequently. And think of those kittens.


Adding RcppArmadillo settings
 >> added Imports: Rcpp
 >> added LinkingTo: Rcpp, RcppArmadillo
 >> added useDynLib and importFrom directives to NAMESPACE
 >> added Makevars file with Rcpp settings
 >> added Makevars.win file with RcppArmadillo settings
 >> added example src file using armadillo classes
 >> added example Rd file for using armadillo classes
 >> invoked Rcpp::compileAttributes to create wrappers
edd@rob:/tmp$

这没有错误并且确实创建了文件：

edd@rob:/tmp$ ls -l RegressionTool/src/
total 16
-rw-rw-r-- 1 edd edd  597 Jun 30 07:07 Makevars
-rw-rw-r-- 1 edd edd  597 Jun 30 07:07 Makevars.win
-rw-rw-r-- 1 edd edd 1453 Jun 30 07:07 rcpparma_hello_world.cpp
-rw-rw-r-- 1 edd edd 2490 Jun 30 07:07 RcppExports.cpp
edd@rob:/tmp$ 

还有一个用于包创建的单元测试，该包在 CRAN 多年来一直保持良好的信誉。所有这些都让我怀疑你的结局有些不同。

PS 我也刚刚签入了一个没有包 pkgKitten 的 Docker 容器，以防万一，它以同样的方式通过。