Snakemake：从 DAG 可视化中隐藏某些规则

【问题标题】：Snakemake: Hiding certain rules from DAG visualisationSnakemake：从 DAG 可视化中隐藏某些规则
【发布时间】：2022-02-03 14:43:22
【问题描述】：

在我的蛇形管道中，我有一个“全部”规则，它位于作业 DAG 的最底部。它本质上是snakemake 的入口点，但除了列出所有需要的输出之外，它什么也不做。

有没有办法从 DAG 可视化中隐藏此规则？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

运行snakemake --dag 会生成一个dot 图表，可以根据需要进行修改。例如：

snakemake --dag > test.dot
# edit test.dot to remove node 0 and all edges linking it
dot -Tpng test.dot -o test.png

原则上，dot 文件的编辑也可以使用grep/sed/awk 自动进行：

snakemake --dag | grep -v "> 0\|0\[label" | dot -Tpng -o test.png

【讨论】：